群体遗传进化PCA分析

群体遗传进化PCA分析

#方法1:

## plink分析PCA

plink --vcf  $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz --pca 10 --out  plink_pca   \

    --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:#    --vcf-half-call missing


#绘图


pca_plink_plot.r -i plink_pca.eigenvec -f $GROUP -g group --name plink_pca





#方法2:

## smartpca分析PCA


vcf2smartpca.py --vcf  $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz -q 20 -g $GROUP -p passing_snps_q20

smartpca -p par.passing_snps_q20 > passing_snps_q20_logfile.txt 

#绘图展示


smartpca_plot.r -i passing_snps_q20_loci.evec -f $GROUP -g group --name smartpca

smartpca_plot.py -i passing_snps_q20_loci.evec -v passing_snps_q20_loci.eval -p smartpca3d




  • 发表于 2021-09-01 13:47
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  • 分类:遗传进化

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