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老师，我要做泛基因家族分析中泛基因列表构建，我是不是只需要把...
构建泛基因列表，只需要把自己01.data_prepare时生成的longest_isoform.gff3和gene.cds.fasta文件链接过来作为数据去生成bed和cds文件就行。因为构建泛基因列表w.sh文件中的“# 提取最长的转录本”“# 提取cds”“# 改cds的名字为基因名字”步骤已经在01.data_prepare时完成了 并且不需要示例数据pangenlist里面的文件
回答于 5天前
老师，我手动生成了domain_final.bed，但是出现了以下情况，检查...
bed文件有问题吧，用“cat -A bed” 查看文件后缀是不是$。windows和linux的文字编码系统不一样，最好是将excel准备好的文件提交到Rstudio server 新建文件中进行粘贴保存。可以把结果截图发过来
回答于 5天前
蛋白3D结构预测
通过swiss-model得到模型，可以将模型和用的模板下载下来在pymol计算RMSD值。Python 得不到就用swiss-model方法，也推荐学习一下AlphaFold方法：https://zhuanlan.zhihu.com/p/699907182
回答于 5天前
荧光定量引物设计，是用CDS黏贴到NCBI，blast找到100%序列一致性...
引物设计原则“引物应在核酸序列保守区内设计并有特异性；引物通常设计为跨内含子”，具体参考笔记：https://www.omicsclass.com/article/2227
回答于 2025-06-24 10:22
老师我这次{ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt都只有一个了，list文...
直接复制的代码，代码复制完全的话，应该没什么问题。 ${ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt不是之前已经生成了？还有之前保留的备份吗？如果有备份就之间往下分析 这次的问题先检查这次问题涉及的文件 。用“cat -A .FAE1gene.list” 查看文件后缀是不是$。查看FAE1_hmmerOut.cut_e_len.txt 文件内容有没有问题。可以截图发过来...
回答于 2025-06-24 09:37
老师我一个一个步骤进行，一个基因一个基因分析，是这个命令有问...
你用示例数据运行这行代码用作检查，代码应该是没有问题的。 手动生成bed结果文件“xx.hmmerOut.final.txt从服务器下载到本地，删除带#的行，然后筛选第10列=1的行，最后将第1、18、19列提取出来，手动保存成${ind}.domain_final.bed”。总之就是按照domain_final.bed的文件格式去处理xx.hmmerOut.final.txt 文件
回答于 2025-06-23 09:52