rzx 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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关于代谢组学的原始文件处理

课程是从代谢物表达量开始分析的。原始数据.raw需要经过搜库分析，可以根据质谱仪选择合适的搜库软件去进行搜库分析，才能得到表达量矩阵文件。

回答于 2024-09-12 09:41

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检查一下layout文件格式有没有问题，参考笔记:https://www.omicsclass.com/article/571

回答于 2024-09-11 11:17

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可能是存储不够了吧，你把用不上的文件在本地备份然后在服务器上删掉，尝试一下

回答于 2024-09-09 11:52

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截图里面的id没有重复。是同一个基因序列上鉴定出2个基因家族结构域：-1；-2；

回答于 2024-09-06 18:01

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也有可能是序列有问题。运行的命令是什么？你可以先挑一两条序列跟拟南芥序列合并跑一下进化树，看是哪里的问题。

回答于 2024-09-06 11:40

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根据多序列比对图，将对应的字母放到对应的位置。也就是，你看其他基因在序列那个位置上有WRKYGQK，就把这个基因上的WRKYGQK放到对应位置。不是简单的对结构域中间横杠去掉。同时保证所有比对序列长度一致，缺失位置都用-填充

回答于 2024-08-30 18:24

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这是muscle比对之后得到的结果。如果想调整，可以手动对WRKY_pep_final_aligned.fasta文件调整

回答于 2024-08-30 13:22

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在线数据库筛选问题，可能残缺的基因家族结构域也会识别出来。可以做多序列比对，不想要的结果就删掉。另外在线数据库的结构域区域展示中，上面那条序列是自己输入的序列，下面的序列是数据库里的序列。不是自己想选那条的问题。

回答于 2024-08-30 09:24

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不太明白你的意思？可以截图评论一下。

回答于 2024-08-29 16:51

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在列表里你的图不是已经出来了？iqtree2.pep.domain.png/pdf

回答于 2024-08-29 13:59