可以参考这个方法研究一下吧:https://www.omicsclass.com/article/231
回答于 2020-02-26 15:52
具体可以截图说明一下,不行的话重新下载安装吧。重启试试。 建议学习这个课程:R语言快速入门与提高、
回答于 2020-02-26 13:20
你是说课程里面的代码:R语言画图、R语言快速入门与提高、 参考资料的下载可以看课程第一节,资料都在视频左下角处下载,注意用电脑浏览器登录网易云课堂观看才可以看见
回答于 2020-02-26 13:19
找到对应的样品,对应的基因看看GEO里面的基因表达量是否有相关就可以了,关键你得找GEO数据和会分析GEO数据。 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章:TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、 GEO芯片数据不同平台标准化 、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析
回答于 2020-02-26 09:27
这个是用circos绘制的不同物种之间相同家族的共线性图,如果你想绘制这个需要学习一下circos软件; 我们基因家族课程里面有比较基因组分析,展示形式: 参考:https://www.omicsclass.com/article/284 基因组内家族成员关系我们课程里面也用到了circos,展示效果如下:
回答于 2020-02-26 09:23
这是由于 这个SNP附近有indel缺失造成的,大家可以参考GATK官方解释:https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035531912?id=11029 以及vcf文件说明:http://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.3.pdf
回答于 2020-02-25 11:08
由于SNP位点数量巨大,对应VCF文件也非常的大,为节省存储空间,最常见的做法就是压缩。bgzip 可以压缩VCF文件,用法如下bgzip raw.vcf压缩之后,原本的raw.vcf文件就变成了raw.vcf.gz文件。压缩后缀为.gz, 如果想要解压缩,有以下两种用法bgzip -d raw.vcf.gz gunzip raw.vcf.gzbgzip的压缩算法和gzip压缩算法有着相似之...
回答于 2020-02-24 16:54