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非模式物种,如何做KEGG pathway 分析?

转录组课程已经更新 , 非模式物种富集分析:https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM

回答于 2021-07-09 16:18

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请问老师我做WGCNA这一步TOM = TOMsimilarity(adjacency);卡主不...

这个  没遇到过;  你调整下参数重新运行下,把那变化量不大的基因多去除一下试试;

回答于 2021-07-09 09:57

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老师好,R包一直安装失败不知道怎么回事,Bioconductor上的安装...

以管理员权限运行Rstudio 试试,我看是权限问题: R包安装可以设置一下镜像,加速安装:https://www.omicsclass.com/article/106

回答于 2021-07-09 09:54

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docker进行文件内容修改

一样的用vi命令就可以,这个课程有详细讲解:https://bdtcd.xetslk.com/s/17gwqZ   你的操作有问题:先按 esc 进入命令模式  ,输入 : 再输入 wq  保存退出;

回答于 2021-07-08 11:56

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使用R语言无法从TCGA数据库下载数据

继续运行代码呀,  还没到下载的地方呢, 看课程要认真。 R语言基础要学习: R语言画图、R语言快速入门与提高、

回答于 2021-07-07 22:23

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老师您好,go/kegg分析一般用多少相关基因呢,筛出正相关基因有7...

一般2000以内吧,太多了结果不好

回答于 2021-07-07 22:20

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sam文件转化bam

sam文件有乱码, 你的sam文件没用正确生成;  重新生成sam文本再往下分析; hisat 比对,你的笔记本 性能不够吧;sam文件生成有问题; 基因组fasta文件中:LG开头以外的序列编号 编码是不是有问题,难道是中文引起的乱码?

回答于 2021-07-07 15:51

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老师您好!我在做生存分析发现一个基因低表达时os低,但为什么使...

免疫侵润 可能和某些基因的表达相关,也可以不相关; 不能一概而论的;

回答于 2021-07-07 10:04

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获取基因与mRNA的对应关系,注意文件中的位置mRNA的位置; #perl...

你的GFF文件格式不标准,可以参考这里修改一下:https://www.omicsclass.com/article/816

回答于 2021-07-06 17:36