omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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老师您好，go/kegg分析一般用多少相关基因呢，筛出正相关基因有7...

一般2000以内吧，太多了结果不好

回答于 2021-07-07 22:20

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sam文件有乱码，你的sam文件没用正确生成；重新生成sam文本再往下分析； hisat 比对，你的笔记本性能不够吧；sam文件生成有问题；基因组fasta文件中：LG开头以外的序列编号编码是不是有问题，难道是中文引起的乱码？

回答于 2021-07-07 15:51

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免疫侵润可能和某些基因的表达相关，也可以不相关；不能一概而论的；

回答于 2021-07-07 10:04

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你的GFF文件格式不标准，可以参考这里修改一下：https://www.omicsclass.com/article/816

回答于 2021-07-06 17:36

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hisat单端数据用 -U 而不是 -1 你修改下：http://daehwankimlab.github.io/hisat2/manual/

回答于 2021-07-06 14:09

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TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq ssGSEA 这几个软件可以计算不同免疫细胞的组成； ESTIMATE 可以评估每个样本中肿瘤纯度，基质细胞得分，免疫细胞得分等；单个基因的表达量可以和这些免疫侵润值做相关性分析；

回答于 2021-07-06 14:05

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转录组相关课程可以看一下：转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读数据分析：二代测序转录组数据自主分析

回答于 2021-07-06 10:08

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看看这个问题，可能是系统不兼容吧；https://www.omicsclass.com/question/1622 我们现在不支持vbox的biolinux ，使用更好的工具 docker ： https://www.omicsclass.com/article/1198

回答于 2021-07-06 09:53

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看文件格式都没有问题，可能染色体名字不能是纯数字吧，你试着改一下试试：https://www.omicsclass.com/article/397

回答于 2021-07-06 09:51

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按照错误提示，修改文件重新操作吧：

回答于 2021-07-06 09:48