基于Python的mcscan的微共线性分析问题

通过前序的layout文件制备,根据老师在视频里讲解的案例,拟南芥和白菜的共线性分析。我根据MCscan (Python version)的操作流程,基于python -m jcvi.graphics.synteny blocks ATH_rapa.bed blocks.layout可以获得下面的结果。可是python -m jcvi.graphics.synteny blocks ATH_rapa.bed blocks.layout --glyphstyle=arrow时就出问题了,怎么也算不出来,要是layout文件有问题,那么下面这个微共线性分析就不会运算出来,直线我也尝试了,没问题可以运行出来,就是到了arrow和着色就不行了,想问一下,在咱们的docker里面是不是路径有问题,或者python的版本低了呢?请帮忙解答一下,谢谢了。

第一次出现问题:频率最高

第二次出现问题:

attachments-2021-08-dIURcuKg611f9a07e2bb8.png




请先 登录 后评论

2 个回答

撒菩提

attachments-2021-08-Rq22jpds611f9cd473cbd.png

请先 登录 后评论
omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这里  的 $ 符号去掉:attachments-2021-08-1Y7dBXE76120472cb697a.png

请先 登录 后评论
  • 2 关注
  • 0 收藏,1665 浏览
  • 撒菩提 提出于 2021-08-20 20:14

相似问题