omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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老师问一下，我现在准备好了我的物种WRKY 蛋白的全长序列和拟南...

基因家族分析课程里面有脚本可以根据hmmer搜索的结构截取结构域所在的序列：https://bdtcd.xetslk.com/s/1BAqPp

回答于 2021-09-24 17:59

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命令行错误：这里的空白不要有：

回答于 2021-09-24 11:03

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两个物种差异大，有共线性的区域少造成的

回答于 2021-09-24 11:01

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做KEGG富集分析，可以看这种课程：https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM

回答于 2021-09-22 13:19

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请用课程指定版本的镜像：docker pull omicsclass/ampliseq-q2:v1.4

回答于 2021-09-22 09:12

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一样的只要是fa格式的都可以比对建立索引；

回答于 2021-09-22 09:09

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请用指定版本的镜像：omicsclass/ampliseq-q1:v1.2

回答于 2021-09-22 09:07

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删除文件末尾的空行：https://www.omicsclass.com/question/4151

回答于 2021-09-18 13:03

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*simple文件结尾不要有多余的空行，不然python 版本的mcscan会报错；其他文件末尾的空行也检查一下，有多余的空行删除删除空行应该就可以解决

回答于 2021-09-18 12:59

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cds比对可以先蛋白比对，再转换成cds比对，就不会出现这种情况了：参考这里：https://www.omicsclass.com/article/1939

回答于 2021-09-17 16:27