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GATK HaplotypeCaller - Shutting down engine
参考答案： https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/community/posts/360075181171-HaplotypeCaller-Shutting-down-engine-Encountering-a-large-genome
回答于 2021-09-17 09:37
gatk报错：java.lang.IllegalStateException: Read position too...
增加参数：--create-output-bam-index false 换最新版本：/share/work/biosoft/GATK/gatk-4.2.2.0/gatk
回答于 2021-09-17 09:30
安装好Docker以后，搜索出的镜像没有TAG ID，按照给的命令下载镜...
docker的镜像的不同tag这里是看不到的，需要到dockerhub的官方网站查看: 需要下载对应版本的镜像，直接复制相应的命令： 如果还下载失败额可以试试：docker pull docker.io/omicsclass/gene-family:v1.0.1
回答于 2021-09-16 17:36
请问你通过利用NCBI下载sra数据提取自己想要的基因表达量做出来...
sra数据下载：https://study.163.com/course/introduction.htm?share=2&shareId=400000000234009&courseId=1212025847 提取转录组表达量需要做转录组分析：https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM
回答于 2021-09-14 12:32
E-value值筛选
你这筛选不了是啥意思？ hmmer的结果解读你看看，里面有e-value列就可以筛选：https://www.omicsclass.com/article/473 hmmer结果说明:https://www.omicsclass.com/article/499
回答于 2021-09-14 09:27
老师您好，我购买了扩增子的课程，在做分析时遇到如下问题：我是...
你需要根据样本的barcode信息进行拆分数据； 这个一般测序公司可以帮忙完成的； 不然你需要自己指定每个样本的barcode序列自己拆分；
回答于 2021-09-14 09:25