omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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微生物多样性分析课程镜像ampliseq-q2运行出错：there is no pac...

请用课程指定版本的镜像：docker pull omicsclass/ampliseq-q2:v1.4

回答于 2021-09-22 09:12

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一样的只要是fa格式的都可以比对建立索引；

回答于 2021-09-22 09:09

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请用指定版本的镜像：omicsclass/ampliseq-q1:v1.2

回答于 2021-09-22 09:07

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删除文件末尾的空行：https://www.omicsclass.com/question/4151

回答于 2021-09-18 13:03

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*simple文件结尾不要有多余的空行，不然python 版本的mcscan会报错；其他文件末尾的空行也检查一下，有多余的空行删除删除空行应该就可以解决

回答于 2021-09-18 12:59

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cds比对可以先蛋白比对，再转换成cds比对，就不会出现这种情况了：参考这里：https://www.omicsclass.com/article/1939

回答于 2021-09-17 16:27

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找个比较重要的品种测序吧或者做泛基因组，多组几个品种

回答于 2021-09-17 11:50

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参考答案： https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/community/posts/360075181171-HaplotypeCaller-Shutting-down-engine-Encountering-a-large-genome

回答于 2021-09-17 09:37

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增加参数：--create-output-bam-index false 换最新版本：/share/work/biosoft/GATK/gatk-4.2.2.0/gatk

回答于 2021-09-17 09:30

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docker的镜像的不同tag这里是看不到的，需要到dockerhub的官方网站查看: 需要下载对应版本的镜像，直接复制相应的命令：如果还下载失败额可以试试：docker pull docker.io/omicsclass/gene-family:v1.0.1

回答于 2021-09-16 17:36