有参转录组分析第五步5.deg Error in newCountDataSet报错

老师,您好:

我在做有参转录组的数据分析的过程中,第五步发现一个问题。请老师帮忙解答一下,万分感谢。

 [ reached getOption("max.print") -- omitted 4 rows ]

[1] "create DEG_list object is over"

[1] "the number of origin gene is 27781"

[1] "the number of gene (after filtering) is 17256"

Error in newCountDataSet(countData = de$filterCounts, conditions = condition) :

  could not find function "newCountDataSet"

Calls: std_multiple_level_comp

Execution halted

attachments-2021-11-TOIT8UX0619adf30ce7ac.png

我也检查了我的分组设置,在第四步中所生成的all_gene_count.tsv、all_gene_fpkm.tsv两个文件的head的信息

attachments-2021-11-VJfVuKSl619ae0b881b52.png
注:我在第四步中所生成的all_gene_count.tsv、all_gene_fpkm.tsv两个文件进行了一些修改:

① 由于我是下载别人上传的SRA的数据,只有两个重复,我将每组样品的两个重复进行了复制粘贴,并命名成了_3和_4;

②将all_gene_fpkm.tsv的第一行关于列名进行了修改,在A1的位置加入了ID,这样在excel中所有的列名能够与相应的信息对上。

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最佳答案 2021-11-22 10:33

只能两种attachments-2021-11-CCXEtVN4619af90dd967b.png

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其它 1 个回答

baidu1024

您的意思是,后续我只能两组两组进行分析,对吧?我在听课的过程中到是听到了两组进行分析,我以为是您当时演示的两组,理解错了,谢谢。

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  • baidu1024 提出于 2021-11-22 08:18

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