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进化树+motif+基因结构三个一起显示报错

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老师，我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域分析，

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我改正了这些错误，但是还是无法把data里的数据软连接道01 data prepare上，不知道哪里出错了，基因文件和gff文件没有问题

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参考基因组建立索引报错，这是什么原因？

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泛基因家族分析

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请问老师，我重新修改了软链接，但是基因组序列文件和注释文件批量链接还是出错，为红色

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请问老师，我已经成功在docker挂载我自己的基因组文件了，和01dataprepare前几个步骤一模一样，但是最后链接到01dataprepare的文件还是红色的无法打开

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泛基因家族分析

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请问老师，泛基因家族鉴定开始做自己的物种时，怎么在docker 里上传自己需要做的物种的数据

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string数据库

  • 2025-05-28 09:09
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蛋白互作分析，Orthovenn3选择内容太多，不知道选啥？

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蛋白互作，该下载哪一个结果txt文件。

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对宏基因组数据进行αβ多样性分析时，进行抽平处理是不是会更好，然后进行微生物组成功能的差异分析时，需要做抽平处理后再求相对丰度吗

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课程里使用bracken对kraken结果进行修饰我发现全部都注释到种水平了这个是bracken算法的设置原因吗？

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10 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

  • Zz1 2025-05-27 11:03
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5 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

  • Zz1 2025-05-27 10:13
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对原始序列进行去接头，删除低质量的reads

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对宏基因组的分类和功能数据去除低丰度数据时，论文中经常采用0.1%,0.01%或者不说明，我可以采用其他取值不在文中说明吗

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我在STRING数据库找不到我的物种

  • 2025-05-26 21:02
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我想问一下在进行WGD分析时，要算复制时间，基于物种进化速率的公式：The divergent time of the whole-genome triplication (WGT) event was calculated using the formula divergence dateKs / 2r.

  • jpq 2025-05-26 15:37