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文献给的下载基因组网站下载不了花生基因组数据，ensemble下载的信息又不全，咋整啊，老师?

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我鉴定的家族成员的基因ID和已经发表文献的基因ID不一样，如何让两者对应起来？下图左侧是文献中的基因ID，右侧是我鉴定出来的基因ID，数量一致。

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lefse分析细节

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老师，我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建，构树过程中，出现以下的过程及警告，请老师帮忙看看是否正常，这些重新序列的编号是否有影响（序列对其修剪后有重复名称已去除），以及我下面的系统发育树这么多是否正常，还是需要筛掉一些？

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老师您好，我在提取cds的时候报错了。他说第84行出错，然后我打开看了，感觉看不出什么问题呢老师

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A基因家族的家族成员一共25个，但是23个成员是一个domain，只有是两个domain,这种情况，比较这个基因家族里面不同成员的蛋白全长是不是不合适？不容易得到25个成员的全蛋白进化树？

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请问老师，为什么显示找不到文件呢，已经尝试过重新传输文件

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老师我做存在缺失分析部分，Fam_gene.list中泛基因编号为什么不是连续的呢

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verkko组装后怎么生成.hic和.assembly文件

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关于填充gap后的polish

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新建物种特异hmm模型，再次搜索，产生的文件round2_hmmerOut.txt中的一个基因序列（下图所示），通过了三大数据库确认。但是序列很短，这个序列不要？

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全基因组关联分析GWAS教程中的beagle填充问题

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老师，您好， 我想问一下选择清除分析fst和pi结合的图的曲线为什么变细了？ 我用红色框线圈起来了

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老师，用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后，出现了报错,分别截图了基因型文件，表型文件和报错信息，请老师解答。文件是用的tsv格式，只是用excel打开了，命令就是将脚本提供的命令中的文件改成了自己的文件

  • zjc 2025-04-09 10:53
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保留蛋白质编码基因找不到gff文件，但是我是指定了路径的，而且ll也能找到这个文件，这个文件ee查看也看不出来问题

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重测率，比对率

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老师，以下是我的基因家族列表，基因组ID文件，基因家族泛基因列表，以及独有家族基因，下一步要做统计家族成员数量、排序及存在缺失分析，请老师帮忙看看，由于我的基因组名称中C01-C09，L01-L09,Q01-109还有另xiaomi等基因组名称与基因id命名对不上，该怎么修改，以上我没有自己修改内部任何内容

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GATK硬标记过滤速度慢

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可以给我分享一下您的基因家族镜像吗

  • 2025-04-07 11:02
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老师你好，我在进行到基因结构分析structure这一步时，出现错误 望解答

  • 2025-04-07 10:10