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braker.pl运行中断

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GWAS分析的教程中06.impute的beagle填充出现问题

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老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析得到的基因家族泛基因编号文件和泛基因列表一样，不知道为什么

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Error correction and assembling warnings: * 0:12:28.935 6768M / 13G WARN General (kmer_coverage_model.cpp : 327) Valley value was estimated improperly, reset to 16

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fastsimcoal

  • lint 2025-03-21 10:37
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老师，为什么我把data数据链接过来的时候链接不过来，会出现这样页面？

  • 2025-03-07 09:30
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怎么从泛基因组call SNP呢？

  • 2025-03-05 17:34
2 解决

10 参考咱们的T2T组装课程 进行基因组组装后，染色体出现了一个超级染色体，各染色体大小分布非常不均匀

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老师，请问分析fasta格式的文件需要全部转成gff格式再分析吗？

  • 2025-02-26 23:00
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基因结构注释效果不理想

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老师，我有20个不同菌株的基因序列（fasta文件），请问怎么进行基因组学分析？

  • 2025-02-23 13:46
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二代DNA测序数据进行kmer分析，结果如下图，想请问可能的原因和建议。

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比较基因组构建进化树，通过seqkit进行序列合并时内存爆满导致kill

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老师，我更换镜像了，但本地镜像一直加载不了，显示如下。然后，我在服务器上，导入镜像，运行docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v2.0做了泛基因集构建。之后继续做其他分析，然而，运行镜像时一直出错，进不去，错误显示如下。

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在运行table_annovar.pl脚本的时候报错

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老师，我提取cds ，pep用基因的ID，作为序列的ID命令。运行出来"No such file or directory; can't open file ./.longest_isoform.gff3"但是我打开输出文件看是有数据的。是不是不用管No such file or direc...提示

  • aa1 2025-01-09 16:36
3 回答

老师，我想知道我在用你们演示的玉米数据提取cds和pep的脚本为什么都运行不对，第一个我是用了你们给的TransDecoder下载地址。第二张图用5.7版本的自己的数据是输出空文件

  • aa1 2025-01-08 19:57
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老师，gff文件保留最长转录本有蓝色那一行的可以输出成功，上面没有那行输出的就是空白文件，我想知道没有蓝色那行的gff文件是不是可以自己照着格式写一行

  • aa1 2025-01-07 23:47
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二代和三代sv数据合并出现问题，若能回答，万分感谢

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群体sv分析