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allhic进行染色体挂载，分组过程k=20，只分了一个组出了

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mcmctree运行很长时间

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T2T基因组组装，去除自冗余，发现是minimap2 -D -cx asm5 -t 10 tmp1.fa tmp1.fa > tmp1.self.paf 命令产生的tmp1.self.pa文件中有各别行输出结果有问题（17[M::worker_pipeline::1636.730*6.86] mapped 12 sequences），后续awk命令报错。如下图

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老师，就是我组装叶绿体基因组，组装出来怎么是这个鬼样子啊，而且只有embplant_pt.K105.scaffolds.graph1.1.path_sequence.fasta，没有1.2， 这是什么问题呀

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老师您好，我运行MCMCtree的时候，为什么程序就不运行

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老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导致后面分析报错，这个该怎么解决呢老师。

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老师您好，进行比较基因组分析时候，在第一步数据处理，保留编码蛋白基因，及最长转录本时，出现报错，这个对后续分析有影响嘛

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老师您好，进行比较基因组分析时候，单拷贝直系同源群为0，后续的分析就出现了报错，这是什么原因，是我选择的基因组不合适还是其他原因。

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老师您好，做比较基因组分析时，单拷贝同源基因的这个文件是空的Orthogroups_SingleCopyOrthologues，并且orthofinder文件夹也是空的，是什么原因造成的

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老师您好，我做比较基因组时，orthofinder2运行时出现报错，这是什么原因？该如何解决。请老师解答

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老师您好，我在运行OrthoFinder2时，出现下面报错，请老师解答

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老师您好，在做比较基因组提取CDS、蛋白序列和最长转录本时候，提取出的文件是空的，这是什么原因，请老师解惑

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我输入docker run那条指令后，出现了以下报错，输入docker search omicsclass也出现报错。

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为什么启动镜像时总是出现这样的报错啊老师

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ALLHIC1挂载出现问题

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老师，想问一下您，用blastp方法做基因家族成员鉴定时，鉴定到了51个成员，其中有几个成员的蛋白序列相似性大于98%，但是位于不同染色体上，这种是否需要删除多余的，只保留一条就够了？

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hic挂载时，选用那个内切酶

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sam文件转换成bam文件是不能识别头部信息

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nextpolish报错

  • _He. 2025-07-08 01:11
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基因组使用ont.fasta数据补gap时报错

  • _He. 2025-06-30 18:25