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老师您好，用tassal跑出的曼哈顿图没有数据点，但qq图正常，gemma也一样是什么原因？还有var.txt 大小为0是怎么回事

  • WHR 2024-06-27 09:32
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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

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运行时没有报错，pairid也是和demo里的内容一样，我没上直播，但是回放里学员也是做不出来，出来的.axt文件是空的 ，但是我发现我们做出来的05.ka/ks下的文件夹里的文件不一样

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海涛 海涛 运行时没有报错，pairid也是和demo里的内容一样，我没上直播，但是回放里学员也是做不出来，出来的.axt文件是空的

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老师，为什么我找的家族在本物种里的结构域会这么少呢？换了个物种也是一样的情况，甚至更少了，一个原因是事实情况就是如此，只能换家族，另一个会不会是我操作有问题呢？第二张图是我的历史代码，麻烦老师帮忙看看

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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

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RNA 速率分析Pseudotime vs latent time

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基因家族分析2.0，做基因结构分析时报错，完全按照提供指令做的

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泛基因家族ka/ks分析，生成 .axt文件时报错，查看直播回放发现老师是cp过去的结果，我按步骤怎么都做不出来，中间没少任何一步

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得到INDEL,在做注释的时候报错。

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PSMC分析没有查到mutation rate

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老师，这一步有啥问题呀？麻烦老师帮忙看看,第二张图是我重新删掉文件然后重来一遍的，还是在提取ID这一步出错了，中间也检查了cds文件和pep文件，文件内容是没问题的，除了生成的txt文档是空白的，其他都没啥问题，然后就卡在id替换那一步，麻烦老师帮忙看看

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老师，请问Ensembl、phytozome这两个网站没有收录我的目标物种，只有NCBI收录了，但是NCBI缺失gff基因注释文件的话，我还能有什么途径可以获得基因注释文件呢？

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这条命令报错cat ../id.txt|while read ind;do cut -d" " -f1 ./check/${ind}_pep_need_to_confirm.fa|sed -e "/^>/ s/$/_${ind}/g" -e "s/\*//g" > ./check/${ind}_pep_need_to_confirm.fas

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进行阿尔法多样性分析是报错

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请问下载docker时出现这个问题是什么原因

  • 李 2024-06-24 15:35
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老师，用admixture做群体结构时，可以绘制单独一个k值的结构图吗？另外用代码跑出来的图怎么修改横纵坐标的字体以及大小呢？

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上传CNCB测序数据出现问题，请问大佬们需要怎样处理啊？

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老师，我这个是桑树的fasta和gff文件，不是从官网下载的。假如各个网站都找不到我想要的物种的基因组文件，只有手头这个文件，我要怎么做才能和教程的代码连接上呀？或者说碰到这种目标物种查不到的情况可以怎么做呢？

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老师好，我在做群里遗传进化算pca时，得到的文件都是0。但是没有报错