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老师您好，我正在做泛基因家族分析中，家族成员存在缺失分析，需要准备泛基因组列表，前面通过学习咱们得泛基因集构建课程，生成了 final.last.gene.pair.txt 文件，整理格式之后不正确

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你好，提取CDS序列时，出现错误，怎么解决

  • 2025-04-01 14:33
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老师，我在做dadi分析的时候，发现没有代码里显示的easySFS.py的脚本，给的文件里也没有，就一直报错

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服务器超过5个线程，被killed。请问怎么使用名单规定线程？下面命令如何修改规定线程。

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5 在JGI上下载gff文件和fa.gz文件有问题，感谢答疑

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泛基因集构建中JCVI做共线性分析构建完一半数据报错 core dumped

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正在运行命令的docker因为断网后重启还可以继续运行上次的代码吗？

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老师您好，我在进行megahit组装后运行quast.py这段出现报错，查看megahit.log文件后，出现的最后一行command的信息为Exit code -15,请问这是怎么回事呢？

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您好，请问您paircoil2安装问题解决了吗，我安装也出现了和您类似的问题，我也按照那个文件要求把配置文件放在家目录下，但是仍然命令使用不了，网上实在搜索不到相关信息，只能请问您了，望回复

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提取cds 用基因的ID，作为序列的ID，漏掉了一个序列，咋整？

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老师，别人发的一篇泛基因组文章，应该是从头组装构建的，每个基因组对于参考基因组的SV，是不是用他们这个SV文件就可以合成图谱，就是一堆SV怎么搞成线性化，跟正常基因组一样的，作为一个参考基因组，这个是可行的吗，如何操作

  • Oho 2025-03-27 20:31
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提取cds 用基因的ID，作为序列的ID，报错，咋整？

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kaks分析时候基因的txt文件中基因的出现乱序如何使用代码进行统一整理

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Arabidopsis_thaliana.TAIR10.56.gff3.gz 课程资料发我的gff文件里面没有parent信息，影响基因家族分析吗？

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从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析出

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老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

  • Oho 2025-03-27 10:25
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老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

  • Oho 2025-03-27 10:25
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20 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析，无法获取longest_isoform.gff3文件

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老师，合并后的VCF文件，现在有几品种不想要了，如何从总的VCF文件中删除这几个品种的数据

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Error correction and assembling warnings: * 0:12:28.935 6768M / 13G WARN General (kmer_coverage_model.cpp : 327) Valley value was estimated improperly, reset to 16