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用MCScan做共线性分析时，准备allmRNAID.txt文件，发现有些转录本定位在了contig上，这些定位在contig上的转录本需要算进去吗？

  • 2023-05-24 00:55
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做基因家族分析中的染色体定位图，发现有基因定位在contig上，怎么办？

  • 2023-05-23 13:02
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老师，您好！我在做顺式元件分析和共线性分析时，总是基因组文件ID名报错，应该如何修改呢？还请老师指点，谢谢老师

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做MCScanX共线性分析时提取不了蛋白序列文件

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做MCScanX共线性分析提取不了蛋白序列文件

  • 2023-05-12 10:39
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获取不了基因与mRNA的对应关系

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老师，您好！获取不了基因与mRNA的关系怎么办呢？下面是我物种的gff文件

  • 2023-04-26 12:13
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bed文件GSDS制作基因结构图

  • 荣 2023-04-20 23:08
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老师，您好，不能用GFF文件提取exon位置信息文件，结果文件是空的

  • 荣 2023-04-20 16:29
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下载gene family镜像总失败

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老师您好，请问蛋白序列有多个基因结构域，做系统发育树以哪个结构域为准呢

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老师您好，有多个结构域时，做系统发育树以哪个结构域为主呢？

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老师你好，我在再次搜索新建物种特异hmm模型时，显示segmentation fault，请问是怎么回事呢

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老师，麻烦您再帮忙看看下载镜像v2.0时出现了pulling fs layer，但是查找镜像时又显示有了2.0这个镜像，我下载成功了吗

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老师您好，我根据您的方法从GFF信息，从基因组里提取基因的蛋白序列和 cds序列，但是显示command not found，请您看看是怎么回事呢？上面写的代码要在分析镜像2.0中进行，但是课程给我们的只有v1.0.1，不知道是不是这个原因呢？

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motif展示

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请问在获取基因与mRNA的对应关系这一步，会出现提示说mRNA没有相对应的gene id 呢，可是文件中有gene id 呢，如图所示，而且输出的mRNAgeneID.txt里也没有转录本信息

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查看基因组文件里面有哪些信息时，除了CHr还有NSCAFA等其他的，是为什么呢

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10 基因家族分析：基因结构

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5 基因家族成员定位在scaffold

  • 2023-03-13 14:12