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5 请教一下geneid2mRNAid文件生成出现的问题

  • Li 2019-07-21 15:47
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10 老师您好，我线下上过您的基因家族培训课程，目前在尝试用大豆基因组进行分析，但我发现从ENSEMBLEPLANT下载的基因组序列格式跟拟南芥的注释格式不一样，我已经尝试着进行了 一些编辑，但还是无法统一ID，麻烦您帮我解决一下这种基因组注释格式修改问题

  • 2019-07-21 14:38
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5 #运行MCSCANX 查找共线性 /biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX mcscan/AT 出错

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5 第一次hmm搜索时可以搜索出序列，但是接下来一步提取结构域序列时出来的文件是空的

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5 提取不出来结构域序列

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5 你好，我想将GFF 文件里面ID中一些不必要的信息删除，请问应该怎么写命令呢？这个物种gff文件比拟南芥的gff文件要复杂的多

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5 基因家族分析预测顺势原件时，得到的Ptomoter文件中原来43个基因只有29个显示启动子序列，其余19个无序列信息

1 解决

10 在使用bio-linux中的meme分析蛋白保守结构域的时候出现问题。

  • dec. 2019-07-10 10:43
2 解决

5 您好，我想问下如果我的基因家族有两个结构域，两个pfam号，我应该怎么筛选呢？？

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5 系统进化树构建出的图有问题

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5 用bHLH的第一个pfam号hmmer搜索不出来,是哪里出问题了？

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5 做基因家族分析上游顺作用原件分析时，启动子序列提取结果现显示如下

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5 挂载共享文件夹，每次打开bio-linux都要重新挂载sudo mount -t……

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5 有没有大佬做过SMART本地下载分析呢？步骤是怎样的呢？

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5 求助，MCscanX分析基因家族绘制圆圈图时报错

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5 进化树构建模型的区别

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5 请问老师，基因家族里面筛选到很多对重复基因，那么kaks计算只能一对一对进行吗？准备文件也要一对一对分开准备吗？我把所有重复基因的序列号全部沾到dupid里面是不是不行的？上课的例子只筛选到了一对WRKY基因。谢谢解答。

  • LILA 2019-06-13 00:16
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5 MCscan运行问题：ZeroDivisionError: float division by zero

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5 问下在做基因家族进化树时，建的树bootstrap好多为0，这对发文章数据影响吗？还有要怎么分析解释呢

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5 老师好！做比较基因组分析时/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH OEH --cscore=0.7 报错