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感兴趣的区域LD热图不包括indel位点？

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单倍型分析报错

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在做GWAS关联分析，利用gapit软件发现不同模型产生的hd.$m.GWAS.Results.txt一模一样

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gwas

  • Jay 2024-06-28 14:50
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在用gemma分析gwas时，调用perl脚本中的sort_trait.pl，发生报错，请老师帮忙解答，谢谢老师。

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3 利用代码进行曼哈顿图制作中报这种错误，应该如何解决？

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老师，我在做PCA时，显示软件在环境变量中没找到，但是里面显示是有的，请问这是因为什么呢？怎么解决？

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gwas

  • Jay 2024-05-21 10:37
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老师您好我想问一下做GWAS分析，我的物种是异花授粉植物，我要研究它的种子油脂的相关性状，我是用叶片还是用种子的胚更好

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我在进行变异结果质控过滤，去掉低质量的变异结果发现我材料的变异结果都是0

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tassel跑glm模型报错et.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: importGuess

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tassel报错：net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: tree/out.recode.vcf

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3 使用tassel对vcf文件进行 -SortGenotypeFilePlugin 基因型排序时自动锅炉掉了我的两条contig，这个问题怎么解决呀？

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5 GWAS文件格式转换的时候出问题

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20 GWAS分析转换hapmap格式报错

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GWAS脚本中的$PATH为什么脚本运行会报错

  • Jay 2024-03-19 21:28
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使用tassel软件对vcf文件排序时出现ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - java.lang.IllegalArgumentException: AlleleDepthUtil: depthIntToByte: Can not have negative depth values: -8448

  • mike 2024-03-18 16:27
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100 单倍型分析中优势单倍型这个柱状图是怎么统计出来的？

1 解决

使用gapit的五个模型Blink、GLM、MLM、MLMM、FarmCPU，跑出来的结果几乎一致，这是什么原因呢

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plink报错