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gwas

  • Jay 2024-05-21 10:37
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老师您好我想问一下做GWAS分析，我的物种是异花授粉植物，我要研究它的种子油脂的相关性状，我是用叶片还是用种子的胚更好

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我在进行变异结果质控过滤，去掉低质量的变异结果发现我材料的变异结果都是0

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tassel跑glm模型报错et.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: importGuess

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tassel报错：net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: tree/out.recode.vcf

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3 使用tassel对vcf文件进行 -SortGenotypeFilePlugin 基因型排序时自动锅炉掉了我的两条contig，这个问题怎么解决呀？

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5 GWAS文件格式转换的时候出问题

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20 GWAS分析转换hapmap格式报错

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GWAS脚本中的$PATH为什么脚本运行会报错

  • Jay 2024-03-19 21:28
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使用tassel软件对vcf文件排序时出现ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - java.lang.IllegalArgumentException: AlleleDepthUtil: depthIntToByte: Can not have negative depth values: -8448

  • mike 2024-03-18 16:27
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100 单倍型分析中优势单倍型这个柱状图是怎么统计出来的？

1 解决

使用gapit的五个模型Blink、GLM、MLM、MLMM、FarmCPU，跑出来的结果几乎一致，这是什么原因呢

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plink报错

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10 plink报错

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GWAS筛选阈值设置

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在callsnp过程中形成db文件时出错，但是可以形成db文件夹，我继续往下做，gvcf转化成vcf得到的结果文件没有SNP行，只有上边的注释行和表头

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tassel报错，[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0，软件运行有些表型数据时无问题，但大部分表型数据运行时出现该错误

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GWAS中gapit分析没有结果，命令行输入与屏幕输出如下

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gwas分析群体画进化树

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10 我现在有公共数据库其中500＋种子，自己测了这种品种的一些表型，要做GWAS分析的话，请问老师，是通过下载fastq文件，自己组装拼接，然后比对到参考基因组上，然后获得这500个品种的VCF文件，然后进行GWAS分析吗？