2 回答

gwas根据阈值筛选关联的SNP，并生成bed文件，排序时无法生成标准的bed文件

  • per 2024-08-22 15:07
0 回答

为什么vcf文件根据不同参数过滤后保留163138个位点但最终LM和LMM进行关联时却只有102296个snp位点？

0 回答

老师我已经用gemma找到了显著位点，现在想将两位点之间连锁不平衡程度r方大于0.35，且标记之间距离在300KB以内整合成一个qtl，应该用什么命令啊？

  • WHR 2024-08-15 12:30
2 回答

3 GWAS计算表型数据blup时一直出错

2 回答

老师您好，为什么在gwas最后的筛选关联区域SNP信息时，总报错错误信息如下，总是被杀掉，vcf文件应该是没有错的，截图如下，输入文件如下，请您帮忙查看，我该怎么修改我的命令

  • WHR 2024-08-04 18:46
1 回答

怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数？

2 回答

tajimaD pi绘图

1 回答

关于基因受选择计算

0 回答

感兴趣的区域LD热图不包括indel位点？

0 回答

单倍型分析报错

2 回答

在做GWAS关联分析，利用gapit软件发现不同模型产生的hd.$m.GWAS.Results.txt一模一样

1 回答

gwas

  • Jay 2024-06-28 14:50
1 回答

在用gemma分析gwas时，调用perl脚本中的sort_trait.pl，发生报错，请老师帮忙解答，谢谢老师。

1 回答

3 利用代码进行曼哈顿图制作中报这种错误，应该如何解决？

1 回答

老师，我在做PCA时，显示软件在环境变量中没找到，但是里面显示是有的，请问这是因为什么呢？怎么解决？

1 回答

gwas

  • Jay 2024-05-21 10:37
1 回答

老师您好我想问一下做GWAS分析，我的物种是异花授粉植物，我要研究它的种子油脂的相关性状，我是用叶片还是用种子的胚更好

1 回答

我在进行变异结果质控过滤，去掉低质量的变异结果发现我材料的变异结果都是0

1 回答

tassel跑glm模型报错et.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: importGuess

1 回答

tassel报错：net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: tree/out.recode.vcf