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GATK 将VCF文件导入db出现问题
和线程关系不大，需要检查一下前面的g.vcf.gz都正不正常，以及他们的索引文件是否正常，如果涉及到染色体长度超过512M可能会引起一些索引的问题。或者你选择继续往下跑一下看看有在db变成vcf这一步有没有更明确的报错。以下是关于“htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount” GATK作者做出的答...
回答于 2025-08-04 17:55
GATK CALL 变异后导入GenomicsDBImport 出现问题
直接运行之后就终止了吗？还是出现这个信息之后他还在运行？GATK作者有关于这个问题的回复：GenomicsDBImport cannot use multiple VCF reader threads for initialization when the number of intervals is greater than 1. Falling back to serial VCF reader initialization. – GATK
回答于 2025-08-04 11:49
用R可视化snp分布的时候出现错误：WARNING: ignoring environmen...
需要检查是不是/tmp文件夹占满了磁盘空间，练习的服务器可以使用的存储大概在45-50G，原始数据、镜像都会占空间。
回答于 2025-08-04 11:44
ALLHIC1挂载出现问题
最开始的错误是这个Unable to open file draft.asm.fasta.near_.500.bed，这一步是否执行：export PATH=$PATH:/share/work/biosoft/bedtools/如果执行了，看一下bedtools能不能使用：bedtools -h，如果不能说明你的bedtools不在环境变量里
回答于 2025-07-23 18:13
XP-CLR
1. 确认你的“for i in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7;do”这边修改成了你vcf里面的序列ID 2. 需要check你的vcf文件里面样本名称在wild_popid.txt和cultivated_popid.txt 都是存在的。 3. --size $window --step $step --maxsnps 200 --minsnps 5看下你划分的窗口里面snp数目在5-200这个范畴吗
回答于 2025-07-22 14:58
您好，请问在docker镜像中运行sed -i 's/transcript://' 文件名...
可能是文件权限的问题，Docker 容器内的用户权限与宿主机不一致，导致无法修改或重命名文件。在docker run的命令里面加--group-add keep-groups看看有没有什么变化。
回答于 2025-07-17 10:27
您好iqtree2运行的时候报错，“You should increase checkpoint i...
在容器里运行其他命令的时候没有出现这个问题吗？ 这个提示的是容器检查点（checkpoint）功能的配置，默认配置下，检查点操作每 60 秒执行一次。如果容器写入频繁、磁盘 I/O 压力大、 60 s不足以完成检查点操作就会导致操作中断。 这个需要改/etc/docker/daemon.json的内容，还要重启容器。使用Docker Checkpoint功能提升...
回答于 2025-07-17 09:22