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泛基因组
他主要是基于web提供的可视化服务，使用参考这个：图形泛基因组可视化 - 组学大讲堂问答社区本地使用参考：GitHub - vgteam/sequenceTubeMap: displays multiple genomic sequences in the form of a tube map · GitHub
回答于 2026-08-05 16:26
nt 数据库
这个库比较大，我们无法通过网盘进行提供，下载和配置可以参考这个帖子：https://blog.csdn.net/m0_67672416/article/details/160833086我们网站上也有下载和拆分的教程：按物种拆分blast本地库 - 组学大讲堂问答社区
回答于 2026-08-03 11:20
hic数据和rnaseq数据是否可以进行snpcalling并进行群体分析
技术上都可以做 SNP calling，但都不推荐作为群体分析的主力数据。hic需要仅保留valid pair
回答于 2026-07-27 13:57
质控
说明目前过滤标准对你的数据来说太严格了，目前过滤标准为： --maf 0.05 --max-missing 0.7 --minDP 3 --maxDP 1000 --minQ 30 --minGQ 30 --min-alleles 2 --max-alleles 2 1. 如果你测序深度低，删除这个参数：--minDP 32. 如果不是二倍体，删掉这个--min-alleles 2 --max-alleles 23. 如果样本多样性差，下调--maf 0.05...
回答于 2026-07-21 17:08
老师您帮忙看一下 就是我在做cafe分析的时候 这个我删掉一个...
Orthogroup.GeneCount.cafe.tsv.new需要检查，主要是检查Cocos_nucifera这个物种所在列是否全部为空
回答于 2026-07-06 15:46
重测序额质控
需要提供CP162209.1.recode.vcf.gz截图看看是不是QD没有，正常GATK进行call SNP得vcf都有QD，vcftools分割的时候需要选择保留所有info才可以。可以在VariantFiltration之前用SplitIntervals进行染色体分割
回答于 2026-06-29 10:59
单倍型出现这种问题，怎么解决
hapSummary或 hapPrefix参数有问题，导致无法正确提取或匹配单倍型结果。我们脚本里会自动给hapPrefix赋值为“Hap”，所以应该是hapSummary出现了问题。hapSummary是对hapResult进行汇总整理得到的，通过你上面的这个log文件： Scanning file to determine attributes. File attributes: meta lines: 3374 header_lin...
回答于 2026-06-24 17:22
老师 我咱做比较基因组分析的时候，遇到下面的问题，我用其它的...
内存或系统资源被触发 OOM Killer 杀掉进程。如果是10.pep_aln.renamed这个结果有问题，那你可以ll aln_out/10.pep_aln.renamed看看这个比对结果的大小有没有问题，也可以grep ">" -c aln_out/10.pep_aln.renamed看看这个序列数目对不对。但是如果是一个比对结果有问题的话应该是报错，你显示的是killed更类似于资源不足...
回答于 2026-06-23 13:53