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借助转录组辅助基因组注释
没跑完，Running CMD: /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/update_alignment_status.dbi -M '/work/0509t2t/18.PASA/pasa.sqlite' < alignment.validations.output > pasa_run.log.dir/alignment.validation_loading.output sh: alignment.validations.output: No such file or directory...
回答于 2025-10-20 17:54
dadi
∂a∂i 本身的最大似然估计优化过程不会直接给出参数的置信区间。 它只给出参数的最大似然估计值。需要通过其他方法来计算置信区间。最常用和可靠的方法是 基于似然的置信区间估计。
回答于 2025-10-17 17:37
老师请问一下我在做hic挂载练习的时候运行到使用bwa的aln和sampe...
拓展性问题。Hi-C 数据中含有大量远距离（甚至跨染色体的）互作，插入片段可能非常大，bwa mem默认最大插入片段为 100kb，超过此值的比对会被错误处理。可以尝试，后续流程报错。
回答于 2025-10-17 17:35
smooth.value
smooth.value是一定区间内的均值。具体可以查看xpclr_smooth_line_plot.r的151-169行，win.num默认50，--win.size默认1000000
回答于 2025-10-17 17:31
Xpclr
需要绘制点形状，只需要删掉后面的参数“--vline”就可以了。修改阈值，增加参数 “-c 0.01”。如果不知道各个参数的含义可以Rscript $scriptdir/xpclr_manhattan_plot.r -h查看帮助文档
回答于 2025-10-14 13:55
老师请问一下。我在练习基因组组装中因为磁盘空间不够想删除一些...
建议你在当前文件夹下执行du -h --max-depth=1 | sort -h 如果是组装的话，基本上在组装阶段，每一个软件得到的最终fa文件保留； hic挂载过程保留最后的过滤得clean bam和定位坐标文件； 补洞可以删除补洞过程中得比对文件
回答于 2025-10-11 11:23
#保留蛋白编码基因
就跳过这一条，用$database/homo_protein/ath.gff.gz 作为下一条的输入文件。不确定到底能否使用，可以尝试运行这一条，如果 Arabidopsis_thaliana.protein_coding.gff3文件为空或者过小，可以放弃这条过滤。另外，过滤的话可以考虑根据第二列的source进行筛选，删除其他软件得到的非编码rna或者重复序列的信息。
回答于 2025-10-09 10:48
t2t基因组，转录组数据注释
两个策略，一个是不同的转录组都做注释，然后做合并；第二种也是大部分文献里会采取的，把不同的转录组数据combine之后做一次注释。如果选择第二种，则需要在原始数据的.gz做合并。
回答于 2025-10-09 09:50