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geneflow
你的树每个节点的高度都完全不同且单调递增，DFOIL_Picker_mod_noEdge.R 对于每个节点又只考虑高度大于或等于当前节点高度的其他节点（脚本133行）。这就导致在进行组合的时候，每个节点要么没有足够高的其他节点，要么符合条件的节点都是自己的后代而被排除。所以没结果是树形导致的。要么把70行注释掉不用。或者62行注释...
回答于 21小时前
GWAS获得显著位点如何去设计分子标记？
一般会通过第一种方法“通过结合表型值判断不同基因型是否存在显著差异”。“优势单倍型”是指引起表型变化的还是指占比最高的单倍型，如果是占比最高的，那设计标记进行分型得目的和表型怎么关联呢？
回答于 2天前
老师我的第八步生成共线性的我发现使用这个代码共线性图也是空白...
你发的文件里面全是截图，我这边是完全看不清楚内容的，提问建议提供运行命令、输入文件截图和报错信息。你第一次做的那个是划分成了chr的状态（蓝色框），第二个做的里面只有contig（绿框）而没有挂载到染色体上的信息，正常应该是这样：在你没有chr（或者说是一条很大的染色体）的时候去绘图会报错，比如说你指定了需要画...
回答于 6天前
老师我更改了酶切现在是这样但是热图的pdf又是正常的
你的酶切和公司给你的现在是一致的吗？demo里面热图的图例你可以参考一下：如果你酶切和真实的保持一致了，那就尝试juice box右侧那个颜色标尺，你往左边滑一下。
回答于 2026-03-11 17:41
LD 分析
掩盖问题可能是因为锯齿上下幅度过大导致的，增大窗口使得绘图尽量平滑，修改Plot_MultiPop.pl绘图命令的 -bin1 数字 -bin2 数字可以改善。
回答于 2026-03-10 09:42
泛基因组组装
1. metagenome-like方法组装出来然后清除污染序列体积为2.8GB：有点小，需要进一步评估是否可以使用。使用BUSCO或CheckM等工具评估组装基因组的完整性和污染率。如果BUSCO完整性高（>95%）且污染率低（<5%），说明组装质量较好，可以用于下游分析2. cd-hit-est去除重复contig卡死：cd-hit-est默认参数会进行全序列比...
回答于 2026-03-05 16:14