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泛基因组 结构变异 注释
vcf基因组坐标区间采用了“倒位 断点上游 + 倒位区间 + 下游”的记录，ANNOVAR 使用 SV 的基因组坐标区间，你的 INV 被记录为覆盖从 GeneA 附近 到 GeneB 附近，注释按这个区间来。一个断点在 GeneA，另一个断点在 GeneB（或两者分别靠近两个基因），注释就会显示该 SV 影响 GeneA 和 GeneB。你可以检查一下断点是否在两个基...
回答于 4天前
老师，我用perl $scriptdir/vcf2hmp.pl clean.vcf.gz hapmap.txt...
需要hapmap.txt.gz文件内容的截图，报错是格式问题
回答于 2026-05-25 09:59
运行 filterBAM_forHiC.pl hicxbly_aligned.REduced.paired_onl...
有报错信息吗？hicxbly_aligned.REduced.paired_only.bam没问题的话可能xblysample.clean.sam的头文件不完整，并且要求BAM 和 SAM 的染色体/contig 名称必须完全一致，可以从这两个角度检查一下
回答于 2026-05-15 17:59
老师，我做的是人的连续型变量，图片为什么会这样呢，可能是什么...
极端假阳性了。可能群体分层严重、存在亲缘关系没有较正、表型数据被当作协变量输入等原因都有可能。换一个模型也是这样的结果吗？
回答于 2026-05-15 15:45
将基因组文件和gff文件批量链接到当前文件夹时，文件名出现问号...
红色失败表示在你软连接的绝对路径下面没有这个文件，需要你提供/work/my_pan-gene-family/data/下面得截图。在容器下面操作： l /work/my_pan-gene-family/data/
回答于 2026-04-29 16:53
我的初始vcf文件60GB,经过三次过滤最终clean.vcf文件只有1.1MB，...
maf降低、maxmissing降低、minGQ降低，以及等位基因数目不限制那么死就可以增加可用位点。
回答于 2026-04-28 10:30
使用docker 镜像中的plink软件跑PCA Admixture 分析时都遇到以下...
这个是plink 1.9会出现的 ，自己升级到2.0就没事了。其实并没有真实的错误，可以看结果文件，也是全的。直接往下进行就可以了。
回答于 2026-04-22 10:05