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docker镜像搭载不上
docker run之前需要docker images查看一下自己有没有 localhost/omicsclass/genome-comparison这个镜像。你如果要load -i 起码当前文件夹下面要有genome-comparison-v1.0.tar.gz这个文件
回答于 14小时前
用GenomeScope软件预测基因组偏小
1. jellyfish histo这一步的 -h 参数也需要同步调大。 2. 较短的k-mer（如k=21）在重复序列中易产生交叉比对，导致重复序列被低估，可以多测试几个k值。
回答于 2025-06-06 11:56
tgsgapcloser报错
minimap2跑不过去，可能数据太大了爆内存了，可以考虑命令里面加参数--minmap_arg '-f 0.1'，-f的意思是通过移除高频出现的重复性 minimizer，来减少重复序列对计算过程的干扰 上一次报错的$OUT_PREFIX.01.log最后显示的是什么？根据minimap2的报错查看具体问题。-f 0.1如果是空的，那你调小一点试试0.02这种的
回答于 2025-06-04 13:23
juicer 报错： Failure during chimera handling of
To fix this, you'll need to install gawk(sudo apt install gawk) on your system.
回答于 2025-04-30 13:52
T2T基因组调研图中jellyfish -h和genomescope.R -m 都是设置的10...
设置依据是前面那一步，jellyfish stats -o illu.stat illu，这一步的结果illu.stat里面有个Max_count，-h和-m设置的比这个数字大就可以了。不同样本的差异根据这个统计结果判断。
回答于 2025-04-25 09:05
verkko组装后怎么生成.hic和.assembly文件
verkko组装结果里没有这个，需要你自己用HiC数据比对到基因组上，然后生成.hic和.assembly文件
回答于 2025-04-14 14:22
关于填充gap后的polish
polish用的是什么软件呢？只使用了三代数据进行抛光吗？抛光完成之后和参考基因组或者和之前的组装做比对的话，共线性差异大吗？基因组减小了多少呢？可以采用racon对7个gap的组装重新做一下抛光。
回答于 2025-04-14 14:05