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用GenotypeGVCFs合并不同种质的g.vcf文件
是head部分染色体顺序也这样还是变异部分的顺序？如果只是变异之后的顺序，可以在生成完了vcf之后单独用Picard SortVcf或者其他软件做一下排序工作。
回答于 2025-09-19 13:34
mummer比对syri进行SV检测报错
chrorder调整的时候染色体条数发生改变了。不做这一步直接根据之前的delta和coords文件做syri。但是可能存在大结构变异也会导致call变异失败
回答于 2025-09-17 16:23
基因组组装BUSCO多拷贝过高
1. kmer评估中杂合度为多少？高杂合是否组装为两套染色体？高杂合未区分，D高2.物种是否为多倍体？有全基因组复制事件？如果存在，D高是正常情况。3.参考近缘种，与其他人busco的结果进行比较，看差异大不大，如果近缘种都是这样的结果可能是物种本身特性。后续处理，要么用hifiasm做出来的单倍型进行后续分析，或者采用 Pu...
回答于 2025-09-17 09:39
请问我在做性状绘图时出现报错，我的数据格式应如何修改
运行代码是：Rscript $scriptdir/trait_plot.r -i $datadir/traits_gapit.txt ？格式是这个：
回答于 2025-09-15 16:50
dadi
检查输入文件./NorthAfrica-Yourawildgoat.sfs是不是有一行全是0。easySFS.py里面投影值设置根据自己样本数目进行更改
回答于 2025-09-15 16:35
dadi分析
问题出现在coding_change.pl脚本的，77行存在一个正则表达的匹配要求： $field[2] =~ m/^[\w\-\.\@\/]+?:([\w\.]+?):exon\d+:c.([\w\->]+)(:p.([\w\*]+))?/ or die "Error: invalid record found in exonic_variant_function fi在这一行上要求第三列的的第二部分（也就是rna名字）是([\w\.]+?)这个范围内的东西，而你的...
回答于 2025-09-11 18:01