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juice box调整hic挂载数据
本软件不在课程范围内。具体model指定根据自己材料特性来，一般默认，效果不好换一个model。小片段不同文献处理方式不同，合并成chrUn或者是不处理都有
回答于 2025-09-08 10:10
我的关注的头足类和其他贝类的进化关系，涉及5个头足类物种4个其...
哪一步的基因集？这一部分属于具体生物意义探究，如果想说明“独特性”需要说明人无我有，同时需要结合文献和其他证据
回答于 2025-09-08 10:01
allhic进行染色体挂载，分组过程k=20，只分了一个组出了
contig比较长的时候容易出现这个问题，1.放到juice box里面，根据信号自己划分chr；2.ALLHiC有个打碎重组的流程，打碎重新做之后会导致gap变多。
回答于 2025-09-01 09:29
T2T基因组组装，去除自冗余，发现是minimap2 -D -cx asm5 -t 10...
因为你nohup这个命令，但是没有把这个命令写成sh的脚本去运行，这样log文件会输出到你的结果文件里面。命令写成sh文件，再提交运行。得到新得结果。
回答于 2025-08-26 09:20
老师，就是我组装叶绿体基因组，组装出来怎么是这个鬼样子啊，而...
这个都是一些断的scafford，使用的原始数据是完整的吗，大概有多少G？目前解决办法如下：1、在跑命令时可以增加轮数（-R选项），可以重新指定更近缘物种的叶绿体完整组装序列作为参考（-s 选项），或者不指定-s选项。各种都尝试跑一下命令。2、如果按法一尝试了各种命令还是不行，那可能是测序数据不够，或者可以拿最长的一...
回答于 2025-08-18 14:02
老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导...
文件中的序列可能全是空行或仅包含间隔符（*或-），导致程序无法初始化非空位点列表。输入文件检查。
回答于 2025-08-15 17:30
老师您好，进行比较基因组分析时候，在第一步数据处理，保留编码...
需要检查你的结果文件空不空。同时去GFF里面搜索一下这些基因，看是否是编码蛋白的。如果你的gff3文件最后一列不含有biotype字样，这步过滤可能会导致结果为空
回答于 2025-08-12 10:24
老师您好，进行比较基因组分析时候，单拷贝直系同源群为0，后续...
你本质就是比对这一步存在问题，我推测大概率是你输入文件存在问题。只看你的报错地方和报错内容推测：1. 某些基因簇（orthogroups）可能为空，或包含的序列数量过少。检查 OrthoFinder/Results_*/Orthogroups/Orthogroups.txt，确认是否有异常的基因簇（如 OG0000000后面没有序列）。你可以运行一下这个：awk '/^OG/ {prin...
回答于 2025-08-11 15:48
老师您好，我做比较基因组时，orthofinder2运行时出现报错，这是...
索引大于或小于列表的有效范围。1. 确认输入fa文件没有任何空行2. 物种名称规范，每个文件名代表一个物种，且文件名中不能包含特殊字符（如空格、括号、逗号等）3. 如果输入数据较大，减少线程数（-t）或增加内存4. 如果问题集中在某个特定文件，尝试逐步排除，逐个物种运行测试5. 如果不能定位是在哪一步出现的问题，...
回答于 2025-08-11 11:42