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老师您好，进行比较基因组分析时候，在第一步数据处理，保留编码...
需要检查你的结果文件空不空。同时去GFF里面搜索一下这些基因，看是否是编码蛋白的。如果你的gff3文件最后一列不含有biotype字样，这步过滤可能会导致结果为空
回答于 2025-08-12 10:24
老师您好，进行比较基因组分析时候，单拷贝直系同源群为0，后续...
你本质就是比对这一步存在问题，我推测大概率是你输入文件存在问题。只看你的报错地方和报错内容推测：1. 某些基因簇（orthogroups）可能为空，或包含的序列数量过少。检查 OrthoFinder/Results_*/Orthogroups/Orthogroups.txt，确认是否有异常的基因簇（如 OG0000000后面没有序列）。你可以运行一下这个：awk '/^OG/ {prin...
回答于 2025-08-11 15:48
老师您好，我做比较基因组时，orthofinder2运行时出现报错，这是...
索引大于或小于列表的有效范围。1. 确认输入fa文件没有任何空行2. 物种名称规范，每个文件名代表一个物种，且文件名中不能包含特殊字符（如空格、括号、逗号等）3. 如果输入数据较大，减少线程数（-t）或增加内存4. 如果问题集中在某个特定文件，尝试逐步排除，逐个物种运行测试5. 如果不能定位是在哪一步出现的问题，...
回答于 2025-08-11 11:42
map bwa出错
这个是你下载的基因组里面存在>VBZB01000078.1这种名字的序列吧？要不行换个基因组。或者你基因组做一下预处理，只要前面的高质量的序列。
回答于 2025-08-08 18:25
老师您好，在做比较基因组提取CDS、蛋白序列和最长转录本时候，...
通常是gff3文件的格式导致的。需要检查gff3文件里面gene-mRNA-exon的对应情况。
回答于 2025-08-07 09:29
合并CNV结果失败
sample_files 的内容需要检查一下,以及里面的内容是不是都在当前文件夹下？可以看一下同样的软件做的SV合并有没有问题，如果SV没问题可能vcf里面没有什么能合并的cnv
回答于 2025-08-05 16:54