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老师，我想把镜像复制到自己服务器上使用，使用的是singularity...
我们提供的好像都是docker的镜像（.tar.gz结尾，使用的时候需要docker load 之后再docker run），不是singularity的
回答于 2026-01-05 16:32
我更改文件名之后还是会复制不成功，这条命令应该怎样更改才正确...
你在容器里无法复制成功，容器里面的/work 和 容器外面 ~/reseq-pop-gwas是一致的，必须要在容器外面先把你的 ~/gene/ 复制到~/reseq-pop-gwas里面才可以
回答于 2026-01-04 16:48
泛基因组
"每个样本的私有基因包含进去的文件"是哪个，是Orthogroups_UnassignedGenes.tsv吗？Orthogroups_UnassignedGenes.tsv里面都是单独的基因，这个分析不是做基因，而是在做基因家族的PAV，两个以上才有group的概念。Orthogroups_PAV.tsv来自于Orthogroups.GeneCount.tsv。
回答于 2026-01-04 15:43
想知道怎么将自己要做的基因复制到工作目录，就这个chengrong ge...
cd \'chengrong\ gene\'，这个里面的‘如果你是中文那就用中文符号还是建议你换个名字（可以问ai怎么通过mv更换文件夹名字），里面的特殊字符太多了（中文单引号、空格等）。在linux命令里面空格具有分割含义，比如你的命令是在说 进入一个叫chengrong的文件夹一个叫做gene的文件夹，实际上cd后面只能接一个对象，无法同时...
回答于 2026-01-04 14:46
在用GEMMA软件进行GWAS分析的时候，需要加入Q矩阵，有一个疑问
和CV error有关系。群体分析选择的k是几这里就选择 admixture.k.Q得结果。 选择前三列不是必须的，应当是选择前 k-1 列，也就是不要最后一列。
回答于 2026-01-04 11:09
基于图形泛基因组文件call取sv的时候，运行命令nohup vg call ne...
生成到 call.o里面去了。如果是这种 输出文件用>指定的，写成sh脚本去运行
回答于 2025-12-30 09:23
EMMAX进行GWAS分析时候出现问题
检查一下snp_var为前缀的文件有没有空的，然后emmax应该是需要把表型数据添加到基因型文件里的，确认这一步做了没有。
回答于 2025-12-29 17:23
你好老师为什么这里无法启动镜像
可以删除 --group-add keep-groups试试，以及你自己的服务器里面没有 /share/database和 /share/denovo-comparison/这两个文件夹。挂载映射的话，你需要把真实存在的文件夹映射到虚拟空间。所以data和 database下载到自己的文件夹（/home/z/denovo-comparison/T2T）下面就行了。data的压缩包课堂上应该已经文件传输过了，你...
回答于 2025-12-29 11:55
在基因组注释部分有一条命令RepeatMaskerLib=/share/work/biosof...
如果你用的是我们提供的镜像，在容器里面运行也是指定这个位置。如果你是在自己得环境里面运行，那就你得RepeatMasker下载在哪里，你去里面找一下RepeatMaskerLib.h5这个文件的绝对路径
回答于 2025-12-26 13:32
单倍型分析
geneHapR: an R package for gene haplotypic statistics and visualization缺失位点看运行的R脚本里面有注释
回答于 2025-12-16 18:09