139 个回答
老师，您好！在变异结果注释ANNOVAR这部分里面，结果出现报错。...
参考：Perl脚本报错解析：annovar的exonic_variant_function文件格式错误排查指南 - 组学大讲堂问答社区
回答于 2025-11-20 17:54
LD分析
运行Plot_MultiPop.pl的时候加上-keepR的参数，可以得到绘图的R代码，找到ylim=c(0,0.889945346658339)这种字样，修改0.889945346658339成你想要的上限，然后运行Rscript 前缀.r就可以了。具体如下：① Plot_MultiPop.pl -inList 你的list -output 前缀 -keepR② 修改“前缀.r”文件里的ylim，比如ylim=c(0,0.889945346658339)...
回答于 2025-11-12 10:56
借助转录组辅助基因组注释
没跑完，Running CMD: /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/update_alignment_status.dbi -M '/work/0509t2t/18.PASA/pasa.sqlite' < alignment.validations.output > pasa_run.log.dir/alignment.validation_loading.output sh: alignment.validations.output: No such file or directory...
回答于 2025-10-20 17:54
dadi
∂a∂i 本身的最大似然估计优化过程不会直接给出参数的置信区间。 它只给出参数的最大似然估计值。需要通过其他方法来计算置信区间。最常用和可靠的方法是 基于似然的置信区间估计。
回答于 2025-10-17 17:37
老师请问一下我在做hic挂载练习的时候运行到使用bwa的aln和sampe...
拓展性问题。Hi-C 数据中含有大量远距离（甚至跨染色体的）互作，插入片段可能非常大，bwa mem默认最大插入片段为 100kb，超过此值的比对会被错误处理。可以尝试，后续流程报错。
回答于 2025-10-17 17:35
smooth.value
smooth.value是一定区间内的均值。具体可以查看xpclr_smooth_line_plot.r的151-169行，win.num默认50，--win.size默认1000000
回答于 2025-10-17 17:31
Xpclr
需要绘制点形状，只需要删掉后面的参数“--vline”就可以了。修改阈值，增加参数 “-c 0.01”。如果不知道各个参数的含义可以Rscript $scriptdir/xpclr_manhattan_plot.r -h查看帮助文档
回答于 2025-10-14 13:55
老师请问一下。我在练习基因组组装中因为磁盘空间不够想删除一些...
建议你在当前文件夹下执行du -h --max-depth=1 | sort -h 如果是组装的话，基本上在组装阶段，每一个软件得到的最终fa文件保留； hic挂载过程保留最后的过滤得clean bam和定位坐标文件； 补洞可以删除补洞过程中得比对文件
回答于 2025-10-11 11:23