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在用GEMMA软件进行GWAS分析的时候，需要加入Q矩阵，有一个疑问
和CV error有关系。群体分析选择的k是几这里就选择 admixture.k.Q得结果。 选择前三列不是必须的，应当是选择前 k-1 列，也就是不要最后一列。
回答于 2026-01-04 11:09
基于图形泛基因组文件call取sv的时候，运行命令nohup vg call ne...
生成到 call.o里面去了。如果是这种 输出文件用>指定的，写成sh脚本去运行
回答于 2025-12-30 09:23
EMMAX进行GWAS分析时候出现问题
检查一下snp_var为前缀的文件有没有空的，然后emmax应该是需要把表型数据添加到基因型文件里的，确认这一步做了没有。
回答于 2025-12-29 17:23
你好老师为什么这里无法启动镜像
可以删除 --group-add keep-groups试试，以及你自己的服务器里面没有 /share/database和 /share/denovo-comparison/这两个文件夹。挂载映射的话，你需要把真实存在的文件夹映射到虚拟空间。所以data和 database下载到自己的文件夹（/home/z/denovo-comparison/T2T）下面就行了。data的压缩包课堂上应该已经文件传输过了，你...
回答于 2025-12-29 11:55
在基因组注释部分有一条命令RepeatMaskerLib=/share/work/biosof...
如果你用的是我们提供的镜像，在容器里面运行也是指定这个位置。如果你是在自己得环境里面运行，那就你得RepeatMasker下载在哪里，你去里面找一下RepeatMaskerLib.h5这个文件的绝对路径
回答于 2025-12-26 13:32
单倍型分析
geneHapR: an R package for gene haplotypic statistics and visualization缺失位点看运行的R脚本里面有注释
回答于 2025-12-16 18:09
请问如果系统是windows server 2016版的话安装docker的话应该选...
我看到推荐有docker-19.03.3的。看看这个能不能用：https://download.docker.com/components/engine/windows-server/19.03/docker-19.03.3.zip
回答于 2025-12-12 16:27
分别用FarmCPU和BLINK做GWAS，从Q-Q图看BLINK模型更优，但是Farm...
这是个性化的问题。我倾向于降低一点FarmCPU的阈值，看看他们显著的位点有没有overlap。如果只能选一个，倾向于选择有结果的
回答于 2025-12-02 17:27