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老师我的第八步生成共线性的我发现使用这个代码共线性图也是空白...
你发的文件里面全是截图，我这边是完全看不清楚内容的，提问建议提供运行命令、输入文件截图和报错信息。你第一次做的那个是划分成了chr的状态（蓝色框），第二个做的里面只有contig（绿框）而没有挂载到染色体上的信息，正常应该是这样：在你没有chr（或者说是一条很大的染色体）的时候去绘图会报错，比如说你指定了需要画...
回答于 2026-03-12 14:14
老师我更改了酶切现在是这样但是热图的pdf又是正常的
你的酶切和公司给你的现在是一致的吗？demo里面热图的图例你可以参考一下：如果你酶切和真实的保持一致了，那就尝试juice box右侧那个颜色标尺，你往左边滑一下。
回答于 2026-03-11 17:41
LD 分析
掩盖问题可能是因为锯齿上下幅度过大导致的，增大窗口使得绘图尽量平滑，修改Plot_MultiPop.pl绘图命令的 -bin1 数字 -bin2 数字可以改善。
回答于 2026-03-10 09:42
泛基因组组装
1. metagenome-like方法组装出来然后清除污染序列体积为2.8GB：有点小，需要进一步评估是否可以使用。使用BUSCO或CheckM等工具评估组装基因组的完整性和污染率。如果BUSCO完整性高（>95%）且污染率低（<5%），说明组装质量较好，可以用于下游分析2. cd-hit-est去除重复contig卡死：cd-hit-est默认参数会进行全序列比...
回答于 2026-03-05 16:14
PSMC作图为一条直线
1. 出现这个问题是因为PSMC对数据质量极为敏感，杂合度高和参考基因组差会导致大量杂合位点被误判为测序错误，从而无法有效构建图 2.杂合度高是物种特性吗？也就是参考基因组只有一套染色体，但实际上应当是两套染色体才能降低比对产生杂合度的问题。 3. 如果没有更好的基因组可以选择，接下来两个思路： 3.1 使用更严...
回答于 2026-03-05 15:51
随着PCA数目的增多，GWAS峰值越来越高，显著位点越来越少
1. 当你增加PCA数量时，模型引入了更多的协变量来校正群体结构，使得模型对表型变异的解释更加严格，这会导致你p越来越大。2. 背景噪音被有效校正，也会导致峰越来越明显。3. PCA数目选择标准可以基于qq图，如果大部分散点紧贴对角线，只有少数极端值偏离，说明模型拟合良好。4. 群体结构得到的Q矩阵进行矫正效果没有显著优...
回答于 2026-02-25 15:46
老师我已经把压缩包cat到一起并且更改了容器的名字为什么还是不...
他最后一个报错是说，这个t2t的名字已经被一个容器用了，可以删掉之前叫t2t的容器然后重新启动一下。
回答于 2026-01-21 16:05