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请问一下老师，在大讲堂学习的时候用的是docker＋Linux系统，但...
虚拟机里面是linux系统的话使用起来没差别。压缩包上传到指定位置，然后docker load -i 加载压缩包就行了
回答于 2025-09-10 13:18
tgsgapcloser 如何控制minimap占用的内存
一般内存不够推出都是在minimap2这个地方，可以设置minimap2的比对参数。可以增减--minmap_arg '-f 0.1'，-f的意思是通过移除高频出现的重复性 minimizer（最小哈希值），来减少重复序列对计算过程的干扰
回答于 2025-09-09 10:59
da
参考一下这个的解决方法：annovar报错终于解决，Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)，泪目-CSDN博客
回答于 2025-09-08 10:46
我让生物公司测一个莱甲的基因组，挂载的时候他们挂载6条染色体...
这个是比较正常的。13条染色体中包含了大量的小染色体，这些小染色体由于尺寸小、数据点少，其Hi-C热图固有的结构清晰度就是不如大的染色体。目标不是让13号染色体看起来和6号一样“好”，而是优化整体13张图的展示效果，并从分析中获取有效信息。1.计算全局指标进行客观比较，而不是只看热图。 2.为每条染色体单独优化...
回答于 2025-09-08 10:32
juice box调整hic挂载数据
本软件不在课程范围内。具体model指定根据自己材料特性来，一般默认，效果不好换一个model。小片段不同文献处理方式不同，合并成chrUn或者是不处理都有
回答于 2025-09-08 10:10
我的关注的头足类和其他贝类的进化关系，涉及5个头足类物种4个其...
哪一步的基因集？这一部分属于具体生物意义探究，如果想说明“独特性”需要说明人无我有，同时需要结合文献和其他证据
回答于 2025-09-08 10:01
allhic进行染色体挂载，分组过程k=20，只分了一个组出了
contig比较长的时候容易出现这个问题，1.放到juice box里面，根据信号自己划分chr；2.ALLHiC有个打碎重组的流程，打碎重新做之后会导致gap变多。
回答于 2025-09-01 09:29
T2T基因组组装，去除自冗余，发现是minimap2 -D -cx asm5 -t 10...
因为你nohup这个命令，但是没有把这个命令写成sh的脚本去运行，这样log文件会输出到你的结果文件里面。命令写成sh文件，再提交运行。得到新得结果。
回答于 2025-08-26 09:20
老师，就是我组装叶绿体基因组，组装出来怎么是这个鬼样子啊，而...
这个都是一些断的scafford，使用的原始数据是完整的吗，大概有多少G？目前解决办法如下：1、在跑命令时可以增加轮数（-R选项），可以重新指定更近缘物种的叶绿体完整组装序列作为参考（-s 选项），或者不指定-s选项。各种都尝试跑一下命令。2、如果按法一尝试了各种命令还是不行，那可能是测序数据不够，或者可以拿最长的一...
回答于 2025-08-18 14:02
老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导...
文件中的序列可能全是空行或仅包含间隔符（*或-），导致程序无法初始化非空位点列表。输入文件检查。
回答于 2025-08-15 17:30