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老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文...
不需要执行这么复杂的操作，“cat ../01.jcvi/pangene_filter.*.last | grep -v "^#" > last.txt”，这一步是为了合并所有的比对文件并且删除掉"#"开头得行，主要是为了下一步去执行python的脚本。那你不合并，直接从原来的last文件里面删除 "#"开头的行，然后执行python的脚本就可以了。 for i in `find ../01.jcvi -nam...
回答于 2025-03-06 09:54
参考咱们的T2T组装课程 进行基因组组装后，染色体出现了一个超级...
图没有贴出来，也没看到分析流程总结。大小不均匀可以看一下近缘物种是否存在这个现象。超级染色体内部Hi-C信号都很强吗？可以根据3D-DNA的juice box进行手动的切割划分试试
回答于 2025-03-04 17:52
比较基因组构建进化树，通过seqkit进行序列合并时内存爆满导致ki...
处理大文件时，Seqtk 可能会占用大量内存，导致系统资源不足或程序崩溃，根据具体需求，调整 Seqtk 的参数以减少内存使用。例如，使用 -C 参数折叠长行
回答于 2025-02-20 11:57
请问泛基因家族分析实操课程中老师用到的泛基因列表为什么和课程...
下图的结果是基因集构建的另外一个结果，基因集构建会出来两个结果，其中final.last.gene.pair.txt是符合泛基因家族需求的结果
回答于 2025-01-23 17:58
老师 就是我做到基因流tremix哪里的时候 生成后面的文件是空的...
dadi生成sfs频谱文件的时候参数要修改成自己的群体投射值，参考easySFS的使用 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)，课程里也讲了。模型不对说明前面的python那一步需要调整 -m 后面的参数，指定其他模式。
回答于 2025-01-13 11:06
二代和三代sv数据合并出现问题，若能回答，万分感谢
建议附上合并之后的vcf截图，需要info列的截图和后面的基因型截图。 sv的vcf其“存在与否”信息在info列，可以根据info列自行进行基因型的转换，变成正常0/0 1/1这种基因型之后进行后续分析。
回答于 2025-01-03 15:53
线粒体基因组组装挑选contigs的标准是什么？
ONT进行组装前建议矫正。11.smartdenovo.sh中完成组装之后，和近缘物种的线粒体序列进行blast，选择比对次数较多的contig进行后续分析。
回答于 2025-01-03 15:40
基因组偏大
进行自比对去除冗余、blast去除细胞器的组装，如果大小还是没到预期标准可以采用purge_dups进行过滤：GitHub - dfguan/purge_dups: haplotypic duplication identification tool 不太清楚两个单倍型差异如何。如果两个单倍型差异较大，你直接用hifi组装的话会导致基因组偏大。
回答于 2024-12-23 11:25
hifi组装和ont组装n50小了十倍正常吗？
同一套数据不同软件组装结果也会有差异，不同数据本身也存在差异。如果ont数据是采用nextdenovo组装的，可以试着用 hifiasm再组一次。hifi数据普遍会比ont数据更碎一些，在去除冗余、细胞器基因组之后差距会缩小一点。
回答于 2024-12-18 11:05