5 mummer比对syri进行SV检测报错

在使用mummer比对后利用syri进行SV检测时报错

nucme比对后生成out.delta文件,delta-filter和show-coords对结果进行过滤并生成表格,生成out.1coords文件,chrorder进行链方向调整后query.genome.fa染色体丢失,后续的SYRI报错。


syri报错:Reading Coords - WARNING - Chromosomes IDs do not match.

Reading Coords - ERROR - Unequal number of chromosomes in the genomes. Exiting


out.anno


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1 个回答

Ti Amo

chrorder调整的时候染色体条数发生改变了。不做这一步直接根据之前的deltacoords文件做syri。但是可能存在大结构变异也会导致call变异失败

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  • 李昂 提出于 2025-09-10 17:15

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