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使用peer根据表达量数据推断隐藏因子

在做eQTL分析时需要提供隐藏因子作为分析的部分协变量，分析中隐藏因子的引入主要是用来排除影响表达量数据的一些混淆因素，例如样本的采样环境、样本批次、其他位置因素等，这些因素视作分析中的无关因素(即一些无法测量的，但是会影响基因表达的因素)，需要进行预先处理。

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每天学习一点点
发布于 2024-06-19 15:39
阅读 ( 1900 )

单细胞转录组-inferCNV拷贝数变异分析介绍

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omicsgene
发布于 2025-01-10 10:52
阅读 ( 1857 )

bowtie2 将fasta序列比对到参考基因组

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安生水
发布于 2024-08-16 10:26
阅读 ( 1824 )

qsub任务投递系统的常用命令 SGE任务调度

qsub全称为”Queue Submitter”，是Sun Grid Engine (SGE)集群管理软件中的一个命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入到队列中，等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用...

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Ti Amo
发布于 2024-06-26 17:54
阅读 ( 1816 )

Scanpy数据结构：AnnData

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omicsgene
发布于 2024-10-11 15:42
阅读 ( 1800 )

R语言中%>% 作用

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安生水
发布于 2024-09-02 14:24
阅读 ( 1795 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

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omicsgene
发布于 2024-06-27 13:48
阅读 ( 1759 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌（HCC）(GSE149614)

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omicsgene
发布于 2024-07-23 10:33
阅读 ( 1717 )

IF=5.7 | 转录组数据揭示类风湿关节炎的临床诊断模型

“ 2024年6月Frontiers in immunology 杂志发表了一篇题为Integrated analysis of single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, Mendelian randomization, and eQTL reveals T cell-related nomogram mo...

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rzx
发布于 2024-07-30 15:50
阅读 ( 1632 )

B/T细胞分类：

B细胞分类：

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omicsgene
发布于 2024-07-25 09:50
阅读 ( 1611 )

RunUMAP函数报错,

执行降维分析的函数,umpa的时候报错 brain <- RunUMAP(brain, reduction = "pca", dims = 1:30) 报错信息如下: Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) : function '...

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xun
发布于 2024-07-25 14:15
阅读 ( 1591 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-癌（NSCLC）(GSE127465)

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omicsgene
发布于 2024-07-24 11:11
阅读 ( 1585 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BLCA膀胱癌(GSE192575)

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omicsgene
发布于 2024-06-27 11:44
阅读 ( 1479 )

从tar压缩文件夹中仅提取某一个目标文件

有时候我们需要从tar压缩文件夹中仅提取某个目标文件，如果对整个压缩文件进行解压的话，未免太占用空间和资源，我们可以使用如下命令进行操作

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每天学习一点点
发布于 2024-08-12 18:10
阅读 ( 1439 )

R语言跑循环，如何跳过报错信息？

当使用循环跑R函数的时候，如果其中某一次循环执行时报错，那么就会中断循环体，并在屏幕上打印出报错信息

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每天学习一点点
发布于 2024-07-12 17:50
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samtools | 提取部分染色体的bam信息

01. samtools提取bam文件中某部分染色体相关信息 samtools view -b -h XX.bam chr1 chr4 >XX2.bam 02. samtools构建bam文件的索引 samtools index XX2.bam

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rzx
发布于 2024-12-19 16:28
阅读 ( 1436 )

IF=4.9 | 多倍体割手密IAA基因家族分析鉴定

“ 2024年7月国际分子科学杂志(International Journal of Molecular Sciences)发表了一篇题为“ Genome-Wide Analysis of the Auxin/Indoleacetic Acid(Aux/IAA) Gene Family in Autopolyploid...