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单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(E-MTAB-8107)

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omicsgene
发布于 2024-06-27 13:33
阅读 ( 1405 )

Upset图绘制

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安生水
发布于 2024-11-12 16:27
阅读 ( 1391 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)

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omicsgene
发布于 2024-07-25 11:01
阅读 ( 1363 )

空间转录组数据预处理

空间转录组简介空间转录组，顾名思义，是在转录组的基础上加上了空间位置信息。如果不借助空间的技术,我们的转录组一般是粉碎组织到细胞层级或者更低的rna碎片层级,而进行sc RNA或者Bulk...

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xun
发布于 2024-07-02 15:56
阅读 ( 1349 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)

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omicsgene
发布于 2024-06-27 14:03
阅读 ( 1345 )

单细胞转录组镜像代码更新4.0

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omicsgene
发布于 2025-01-13 11:48
阅读 ( 1334 )

SCTransform ,Error: useNames = NA is defunct

SCTransform在seuratv4的时候没问题,升级到v5的时候不工作,出现报错 > brain <- SCTransform(rep, assay = "Spatial", verbose = TRUE)Running SCTransform on assay: SpatialRunning SC...

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xun
发布于 2024-07-25 15:37
阅读 ( 1304 )

绘制全基因组甲基化图谱

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安生水
发布于 2024-07-25 14:08
阅读 ( 1300 )

用seqtk随机提取指定数目的序列

如果数据测多了，我们可以使用seqtk对fastq文件进行随机抽样来减小分析的数据量。

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每天学习一点点
发布于 2024-08-27 17:43
阅读 ( 1291 )

Mfuzz做时间聚类分析

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安生水
发布于 2025-01-02 16:23
阅读 ( 1268 )

空间转录组数据读取

10x公司的空间转录组的数据一般有两种获取方式,第一是手里直接拿到有matrix和img文件(当然还需要对应的barcord和json等辅助文件),第二是公司直接提供或者从网络上下载到的原始数据,fq文件,那我...

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xun
发布于 2024-11-13 16:56
阅读 ( 1266 )

安装R包报错 fail to lock directory

这个错误通常发生在尝试使用R的install.packages函数安装新的包时。错误信息"fail to lock directory"意味着R不能锁定用于安装包的目录，这通常是因为之前的安装进程没有正确完成，导致锁文件（一个隐藏的文件，用于防止同时写入目录）仍然存在。

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每天学习一点点
发布于 2024-10-29 17:32
阅读 ( 1261 )

libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错

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安生水
发布于 2024-08-22 15:05
阅读 ( 1253 )

biom格式的文件如何转化

biom格式的文件如果想要删除某个物种啥的,转换以后直接修改是不行的先转化成tsv biom convert -i bak/feature_table_tax.biom -o feature_table_tax.tsv --to-tsv --header-key taxonomys l...

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xun
发布于 2024-07-23 15:29
阅读 ( 1253 )

一文教你绘制九象限图

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安生水
发布于 2025-01-24 09:00
阅读 ( 1242 )

10X Visium空间转录组图像

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omicsgene
发布于 2024-09-19 13:20
阅读 ( 1239 )

R语言绘制差异表达火山图

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安生水
发布于 2024-10-14 15:48
阅读 ( 1236 )

IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能

“ 2023年9月 BMC (BioMed Central)发表了一篇题为“Meta-analysis identifying gut microbial biomarkers of Qinghai-Tibet Plateau populations and the functionality of microbiota-derived b...