“ 苔藓植物全世界约有22000种。迄今为止,55个苔藓植物目中只有8个进行了基因组测序,为了进一步了解陆生植物基因组进化过程,这篇文章测序、组装并注释了123个高质量且高度完整的苔藓植物基因...
进行gsea分析的时候需要gmt文件,需要到官网进行下载。官网需要注册一下才可以进行下载。 官网网址:https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp 直接进入http://www.gsea-msigdb.org/gsea/d...
USB挂载到KVM虚拟机
共定位分析(Colocalization Analysis)之前有提到过,它是一种统计方法,旨在确定GWAS识别的与复杂性状或疾病相关的遗传变异位点是否与xQTL共享相同的因果变异。这种分析帮助揭示GWAS信号的潜在...
在一些群体遗传进化的文章中,会展示整合了物种分类和大量系统发育推断(灰色虚线)的进化树,接下来小编将绘图代码贴在下面,效果如下图: 1.准备数据 准备3个文件,其中两个nwk格式的树文件...
GATK SPARK 环境安装
IBD(Identity by Descent,同源片段分析)是群体遗传学中用于检测个体间共享祖先片段的分析方法。 一、IBD分析的基本概念 IBD分析是通过检测基因组中共享的、未发生重组的DNA片段,推断个体...
单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE123902)
宏基因组的基因组binning(分箱,即将测序数据中的reads或contigs分类到不同的基因组中)是一个关键步骤, 常用的软件是2018发表的metawrap,但是他一直没有更新, 这篇文章将介绍一个较新的binnin...
“ 2025年12月 Frontiers in plant science杂志发表了一篇题为“Genome-wide characterization of WRKY family genes in four araceae species and their expression analysis in Amorphophallu...
不管是重测序或者是有参转录组,很重要的一环就是将测序数据比对到参考基因组上。一般来说,常用比对软件都可以正常运行结束,但是当碰到超大基因组的时候难免会碰到一些问题,这些问题有的时候...
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IF=4.2 | 杏黄李关键耐寒代谢途径的转录组代谢组联合分析
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IF=4.8 | 不同耐旱性小麦品种在干旱胁迫下的转录组代谢组联合分析
DNBelab C4单细胞RNA-Seq文库制备
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报错内容: ImportError: cannot import name 'romberg' from 'scipy.integrate' 可以看一下,基本上是这个脚本的第六行存在调用: ~/biosoft/conda/miniconda3/lib/python3.12/site-package...
小鼠单细胞转录组方法