NCBI-SRA数据下载的3种方法

SRA 数据库, 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据,来自四个测序平台,分别为:Roche_LS454,Illumina,ABI_SOLID和HELICOS。

从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据,下载SRA数据方法也有很多,这里来简单总结一下。

方法一:SRA Tookit下载

SRA Tookit 是NCBI 提供的下载软件,我们需要下载安装,下载地址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

attachments-2019-08-Qf6RQuAI5d4bc4c61fd96.jpg

选择需要的SRA Tookit 版本进行下载,下载后直接解压到某个指定位置即可。然后搜索SRA数据,例如,我们要下载SRP108428(阅读文献可以找到公开数据的project号)下的所有数据,打开NCBI网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP108428(此处为project号),点击"Accession List"键,下载得到SRR List 储存在sra.txt文件中。attachments-2019-08-xRz28fsS5d4bc4f165701.jpg
得到sra.txt文件如下:

attachments-2019-08-sQgonD0N5d4bc504d3209.jpg
使用SRA Tookit 的prefetch进行下载,prefetch放在sratoolkit文件夹下的bin目录。

sratoolkit-centos_linux64/bin/prefetch --option-file sra.txt

方法二:迅雷下载

迅雷下载的方法我们之前介绍过,此方法可参考 更快更稳地下载NCBI里的测序数据 ,这里我就不赘述了。

方法三:wget下载

前两种方法都能够比较快速稳定的下载SRA数据,小编通常用的也是第二种方法,但是偶尔也会遇到一些特殊的数据是下载不了的。这时候就需要这第三种方法了。首先在NCBI首页的SRA数据库检索关键字:

attachments-2019-08-qyQutDs95d4bc54eb8fa5.jpg
选中符合要求的数据,然后点击send to,

attachments-2019-08-4E9N1ia25d4bc56c4fcf1.jpg
这样就会得到SraRunInfo.csv文件,文件内容是各个samp sequence的列表信息,包括FTP上的下载地址:

attachments-2019-08-F9jXjhK95d4bc5819acfa.jpg
然后我们在Linux中使用wget进行下载即可。好了今天先介绍到这里,你也动手去试试吧!



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  • 发表于 2019-08-08 14:48
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  • 分类:软件工具

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安生水
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