2019年转录组文章该怎么写?

2019年转录组文章该怎么写?这里有不一样的思路。

2018已经成为过去,2019年的转录组文章到底该怎么写?难or易?

这里小编给您带来一篇2019年1月21日发表在BMC Plant Biology(影响因子3.93,中科院分区二区)上的转录组测序文章。该篇文章样品不多,思路明了,分析简单,没有过多的复杂的补充实验,值得借鉴;下面我们一起看一看这篇2019年转录组文章是怎么写的!

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本篇文章采用红豆杉作为研究材料,主要目的是研究紫杉烷类物质在不同红豆杉品种中差异积累的机制。

1、实验材料:

T.mediaT.maireiT.cuspidata三个品种,每个品种准备了5棵独立的树。

2、使用HPLC-MS/MS测定紫杉醇含量,检测发现,T.cuspidata的紫杉醇含量最高,T.mairei的紫杉醇含量最低。

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3、每个品种3个生物学重复,共9个样品进行转录组测序,共得到67.49Gb测序数据,相关性分析表明,三个生物学重复间相关性高重复好(见下图a)。

同时,由于是无参物种,所以需要进行转录本组装和unigene库构建,作者采用了两种组装模式:以基因鉴定和表达分析为目的时,采用的是合并组装,以序列分析为目的时采用了单独组装。

对这些unigenes进行了功能注释:Swiss-Prot、Nr、Pfam、KEGG和KOG。

通过PCA分析发现,三个树种分为了两组,其中T.media和 T.cuspidata较为相近。

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4、作者通过KEGG富集分析发现,氨基酸代谢、能量代谢以及碳水化合物代谢途径的富集程度最高。

同时,通过差异分析进一步统计了各个差异组合中富集程度较高的代谢通路。

attachments-2019-01-WPV43Tch5c4fc6f311816.jpg5、作者进一步分析了紫杉醇的生物合成途径,然后根据GO注释结果进行了详细的分析,找出了参与紫杉醇生物合成每一步的GO terms,并进一步分析了相关的差异基因。

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6、通过三个树种单独组装的转录组数据,作者获得了12条MEP途径相关基因的全长序列。使用每种关建酶预测的三个肽段序列构建系统进化树,进一步发现,T.media 和T.cuspidata的相似度较高。

7、通过数据分析,作者发现了4个和茉莉酸(JA)途径相关的GO terms。进一步分析了这4个GO terms在各个差异组合中的差异情况。同时作者也测定了这三个树种的内源性的JA含量。

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8、通过分析,作者共鉴定了736个TF编码的基因,主要和17个TF家族相关,包括MYB、ARF、WRKY等。

9、最后,作者结合前人的研究进展和自己的分析结果做了深入的讨论。一篇二区的转录组文章就完成了。

总的来说,作者的思路清晰明了,以紫杉醇生物合成途径为切入点,对涉及到该途径的pathway、差异基因、GO terms等都做了深入的分析。在补充实验方面,作者测定了紫杉醇的含量和内源性的JA含量,并没有过多的复杂的实验内容,这可以为广大转录组的初学者提供一些文章思路。

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  • 发表于 2019-01-29 11:24
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  • 分类:转录组

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生信老顽童
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