请教各位老师，转录组测序出现了map率和外显子比对区域低的情况，没找到别的注释文件，推荐往下继续分析吗？

样本为水产动物

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2023-08-18 06:41

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

当mapping rate较低时主要可能有2个原因：（1）由于reference组装不好，或者所测物种与reference的亲缘关系较远；（2）由于样品的特殊前处理或者相对于参考基因组此样品本身的变异太大，导致mapping rate相对较低。