6个转录组发了BMC genomics,人家是怎么写的?

转录组早已走进了千千万万的实验室,但是转录组文章却越来越难发,以至于有人发出这样的疑问“转录组还能发文章吗?”带着这个疑问,小编亲去求证,发现转录组文章还是可以发,但是文章内容有了新...

转录组早已走进了千千万万的实验室,但是转录组文章却越来越难发,以至于有人发出这样的疑问“转录组还能发文章吗?”带着这个疑问,小编亲去求证,发现转录组文章还是可以发,但是文章内容有了新变化,一起来看一下吧!

小编打开熟悉的期刊BMC Genomics,映入眼帘的一篇3月12日见刊的题为“Transcriptomes analysis reveals novel insight into the molecular mechanisms of somatic embryogenesis in Hevea brasiliensis”转录组文章,内容难易适中,很有代表性,那就让我们一起看一看,6个转录组样本,每个重复3次,是如何发到BMC Genomics的吧!

实验设计

本文实验材料是橡胶树,一种重要的经济林木,研究关注点是橡胶树无性繁殖过程中体细胞胚发育的6个不同阶段或形态(胚性愈伤组织(EC)、原胚(PE)、子叶胚(CE)、异常胚(AE)、成熟子叶胚(MCE)和枯萎异常胚(WAE))的基因表达模式变化。每个阶段一个样品,每个样品设3个生物学重复,一共18个样本。

论文内容

1. 体细胞胚发生的诱导

体细胞胚是指植物组织在外源激素的诱导下,虽没有经过受精过程,但经过了胚胎发育过程所形成的胚的类似物,即胚性愈伤组织。

attachments-2021-04-FVKnMhDa60869788b00f2.jpg

2. 不同胚的转录组测序

作者根据胚发育不同阶段或形态的愈伤组织取样,即胚性愈伤组织(EC)、原胚(PE)、子叶胚(CE)、异常胚(AE)、成熟子叶胚(MCE)和枯萎异常胚(WAE),共6个样品,每个样品重复3次,共测序18个转录组。该部分写作也很套路,介绍了测序数据及unigenes组装、功能注释情况

attachments-2021-04-WGGB78di608697af9f729.jpgattachments-2021-04-Mzdsr7Tx608697b897628.jpg

3. 橡胶树转录组差异表达分析

作者比较了不同发育阶段愈伤组织及不同状态的愈伤组织的差异基因。

attachments-2021-04-TQTQ570I608697dac79cb.jpgattachments-2021-04-3pnFsD6z608697e8d974f.jpg进一步又按照上调和下调分析不同类型差异基因集。

attachments-2021-04-D1K67Q2Q608697ff5c9e9.jpg

4. 差异基因GO注释

该部分作者按照不同发育阶段愈伤组织和不同状态愈伤组织分别进行GO注释数据介绍。

attachments-2021-04-o6T98TJD6086981dd607c.jpg

5. 差异基因KEGG注释

该部分作者依然按照不同发育阶段愈伤组织和不同状态愈伤组织分别进行KEGG注释数据介绍。

attachments-2021-04-SKT3nfon6086983b0f1a3.jpg

6. 子叶胚(CE)与异常胚(AE)间激素信号通路相关差异基因分析

为了进一步了解激素调控相关基因表达模式与愈伤组织发育的关系,作者比较了正常子叶胚(CE)与异常胚(AE)间生长素(IAA)和脱落酸(ABA)激素信号通路相关基因的表达情况。

attachments-2021-04-mK0yRTN36086985d9a764.jpg

7. 子叶胚(CE)与异常胚(AE)间转录因子及愈伤组织发育相关基因表达

转录因子(Transcription factor, TFs)作为多功能调节因子在合子胚和愈伤组织发育中发挥着重要的激素信号转导和应激反应作用,所以作者进一步分析叶胚(CE)与异常胚(AE)间转录因子及愈伤组织发育相关基因表达情况。

attachments-2021-04-vQXOf55E60869879dfdae.jpg

8. 子叶胚(CE)与异常胚(AE)间组蛋白修饰相关基因的差异表达

植物生长调节剂和非生物胁迫对体细胞胚发育有一定影响,同时,这些因素可能诱导表观遗传修饰,组蛋白修饰是最重要的表观遗传修饰之一,因此作者继续分析了组蛋白修饰相关基因的表达水平。

attachments-2021-04-2hx2Eigi6086989a6f114.jpg

9. 候选差异表达基因qPCR验证

作者选了20个与体细胞胚发育相关基因进行了QPCR验证。

attachments-2021-04-k1PxI2rM608698b7236f4.jpg

总结

以上就是该篇最新转录组文章全部分析内容,总结一下,其实内容也很简单,其中不乏老套的写作套路,如介绍测序、组装、功能注释等这些内容;但文章也有可取之处,首先实验设计较为合理,不仅有不同发育阶段的愈伤组织,更有异常胚(AE)、枯萎异常胚(WAE)等作为对比,能更好地筛选出与体细胞胚发育相关的基因;另一方面,挖掘转录因子、组蛋白表观遗传修饰相关基因也是该文章的亮点,值得借鉴!

总的来说,目前转录组发文章仍然不是很难,但仅是之前机械地展示结果肯定是行不通的,多一些个性化数据挖掘文章还是很好发的!

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,又能发文章,又能学生信技能,一举两得的SCI好思路;基因家族分析课程已更新分析内容,最新版课程学习链接基因家族分析实操课程

2. 转录组数据结果理解不深入?图表看不懂?这就是你转录组数据不会挖掘、文章不会撰写的原因,让我带你一起深入了解转录组数据结果,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?多学点数据处理技能:学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘

5.微生物多样性分析很简单,但是分析内容项目并不少,理解起来有困难?看我深入浅出讲给你听,学习链接: 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

6. 学生物的必学生信技能:Docker安装与使用linux系统入门Perl语言入门到精通Python生信入门到精通perl语言高级编程

7. 生信绘图、科研绘图技能:Cytoscape与网络图绘制微生物OTU网络图绘制(CytoscapeR语言基础与绘图R语言绘图基础(ggplot2)

8.生物信息实战技能,0基础也可以学会,内含脚本及demo数据:RNAseq有参转录组自主分析基因组重测序自主分析、微生物多样性自主分析

9. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请扫描下方二维码进入组学大讲堂网校学习:

attachments-2018-11-eEmO1t6q5c01489ecbc34.jpg

  • 发表于 2021-04-26 18:42
  • 阅读 ( 318 )
  • 分类:文献解读

0 条评论

请先 登录 后评论
红橙子
红橙子

66 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 482 文章
  2. 安生水 235 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. CORNERSTONE 72 文章
  6. 红橙子 66 文章
  7. 生信老顽童 48 文章
  8. landy 37 文章