2022年最新2区纯转录组文章如何写作?

纯转录组发文章现在是越来越难了,这是真的吗?我有一个朋友人家可不这么认为,只要思路对,纯转录组2区文章也能发!而且还没那么难!真是不同人不同命,你看起来难上难,人家却信手拈来,今天...

纯转录组发文章现在是越来越难了,这是真的吗?我有一个朋友人家可不这么认为,只要思路对,纯转录组2区文章也能发!而且还没那么难!

真是不同人不同命,你看起来难上难,人家却信手拈来,今天我就给大家转介下这位能人的秘籍!

今天还是借网上一篇典型最新的2区转录组文章为例子,将我朋友的主要观点绍给大家。这篇文章是4月12日发表在2区期刊BMC PLANT BIOLOGY上的。

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这篇文章研究的是哈密瓜果实在成熟期理化特性的变化,并通过转录组测序分析锁定了数个与哈密瓜成熟相关的基因,为哈密瓜果实特征发育的分子机制提供新的见解。

文章内容

1. 哈密瓜果实成熟期理化特性的变化

作者观察了2个品种(广西当地品种桂蜜12和普通品种耀龙)哈密瓜不同发育阶段(授粉后5、10、15、20、25、30、35 和 40 天)的果实特性,包括果皮颜色、果形、果肉颜色、重量、大小和可溶性糖含量,重点关注重量、大小和可溶性糖含量3个指标。

朋友告诉我,性状差异最好用图展示,尤其宏观性状尽量要有比对照片,不过这个一点往往是大部分人经常忽略的。

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2. RNA-Seq数据整体分析

作者取2个品种哈密瓜授粉后10、20、30和40天的果实用于转录组测序,每个样品设置3个生物学重复,在这部分数据介绍时依然是传统套路,整体比较不同品种间或不同发育阶段间的差异表达基因数及基因功能注释差异。

时间倒退六七年,写到这里再做个qPCR就可以发文章,不过现在可不行了,继续看看作者如何行文。

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3. 哈密瓜果实成熟过程中基因表达时间序列聚类分析

为了进一步了解果实发育过程中基因表达的变化,作者对2种哈密瓜中差异基因按照时间序列进行聚类分析,并进一步分别对上调和下调基因集进行Go和KEGG富集分析。

这个按时间序列对差异基因聚类分析也是转录组标准分析内容,但是小伙伴们利用的不多,今天学习一下吧。

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4. 哈密瓜果实成熟过程中细胞壁生物发生分析

细胞壁生物发生与与果实发育密切相关,所以作者接下来将关注点进一步细化,分析了与细胞壁生物发生的差异基因在2个品种哈密瓜转录组中的表达模式。

细胞壁生物发生对应果实重量、大小表型,是对该表型相关基因纵向深入的分析。

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5. 哈密瓜果实成熟中糖代谢分析

糖代谢直接影响哈密瓜可溶性糖含量这一重要指标,所以作者着重分析了不同发育阶段中与糖代谢相关的基因的表达模式。

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总结

以上就是这篇4.2分2区文章的全部分析内容,看了之后有何感想?我咋感觉内容这么少呢?相比其他的二区文章,这篇文章内容确实不多,不过人家确实发表了!别的不论,咱们只看这篇文章的可取之处。

  1. 对关注性状描述较多,有照片,有数据分析,这点很重要,却往往被人忽略。

  2. 表型性状与相关基因分析前后呼应,前面有果实重量、大小和可溶性糖含量数据分析,后面就细致地分析与细胞壁代谢和糖代谢相关基因表达模式进行分析。

  3. 转录组数据分析有整体介绍,更有深入地分析具体功能基因,这一点更是重要,泛泛地介绍转录组结果发文章时代早就过去了。

所以这篇文章看起来比较短小,但是结构却是相当紧凑,值得参考!由于篇幅所限,更多细致内容请下载原文查看。

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  • 发表于 2022-04-20 14:29
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  • 分类:文献解读

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红橙子
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