duplicate_gene_classifier统计全基因组不同类型复制事件的数目

duplicate_gene_classifier属于MCScanX的核心程序,用于基因分类,统计全基因组不同类型复制事件的数目。 命令行格式: $duplicate_gene_classifier Dl Dl是物种缩写,是Dl.blast文件。在运...

duplicate_gene_classifier属于MCScanX的核心程序,用于基因分类,统计全基因组不同类型复制事件的数目。

命令行格式:

$duplicate_gene_classifier Dl
Dl是物种缩写。在运行duplicate_gene_classifier程序时需要去掉文件后缀名。
准备原始文件1:Dl.blast文件;是全基因组蛋白质序列比对结果,如下图。
Dl.blast是BLAST比对结果,具体格式如下:
attachments-2022-11-lb9nmTSk63747a65a63b1.png


2:Dl.gff文件;是全基因组基因ID对应转录本的位置信息,如下图。染色体\t基因\t起始位点\t终止位点
attachments-2022-11-Auni6IxR63870982dedb3.png

命令运行屏幕会输出每种基因类型对应的数量,同时在当前目录下会生成一个.gene_type的文件,里面记录了每一个基因对应的重复类型:

attachments-2022-11-XRLNbTJQ63747abd3d229.png
attachments-2022-11-TGExyWeZ63747b25ee5c4.png在.gene_type结果文件中,第一列是基因组基因,第二列为重复基因的类型:

0singleton(非重复基因);

1dispersed(不属于234的其它重复);

2proximal(染色体附近的重复,但是不相邻);

3tandem(串联重复);

4WED/segmental(在共线性区域的共线性基因)

参看文章:

https://mp.weixin.qq.com/s?src=11&timestamp=1668576767&ver=4169&signature=Q*f2eca6oTMyIc8kWjNArdYtNPYK9K46Ylc8TcRnQU-wNZEaNQ9cvlRBs9Slzt-UFBYelXg7k-dgRYclZ5XP6tiWoi7-Hd6XrmIgwkb2fF6dlZZFPs4RiisR1JLow9fj&new=1

  • 发表于 2022-11-16 14:00
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  • 分类:软件工具

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