NCBI 中搜索某类基因蛋白序列技巧
有时候做基因家族分析分析的时候，我们需要搜索一类基因，比如某类基因家族基因做为种子序列，然后在自己的基因组或者蛋白序列中鉴定是否也存在这类基因，例如下面这篇葡萄中的基因家族鉴定，就是从NCBI上获得拟南芥和水稻的14-3-3蛋白序列作为种子序列：
题目：Genome-wide identification and characterization of the 14–3-3 family in Vitis vinifera L. during berry development and cold- and heat-stress response
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4955-8
搜索方法演示： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
选择protein数据，输入14-3-3关键字，然后搜索：
搜索之后，得到下面的页面，我们可以再进一步筛选：
点选，左边的植物，还有右边的拟南芥或者水稻得到下面结果：
增加搜索条件，准确找到拟南芥中的，14-3-3基因，搜索条件如下，
注意：title 中包含就用AND，不包含某类关键字用NOT
搜索公式：14-3-3[All Fields] AND "Arabidopsis thaliana"[porgn] AND family protein[title] AND 14-3-3[title] AND plants[filter]
筛选到可靠的结果之后，我们就可以，点击send to 把想要的基因的蛋白序列批量下载下来，同样的方法我们可以再搜索一下水稻的，
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- 发表于 2018-11-13 21:49
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- 分类：软件工具
