Broad GDAC Firehose—TCGA数据分析中心

Broad GDAC Firehose的简单说明

Broad GDAC对TCGA的结果进行了整理和深入分析,相关的原始数据和分析结果可以通过网页的方式进行查看和下载,

网址如下:http://gdac.broadinstitute.org/

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点击Cases可以查看对应的样本信息,点击Data可以下载对应的结果文件,点击Browse可以通过FireBowse查看分析结果。

以Adrenocortical carcinoma为例,在左侧的下拉框中选择对应的疾病,然后在右侧会看到如下所示的柱状图:

format,png

每个柱子代表了该疾病不同组学的数据,点击柱子可以下载对应的数据,左侧是详细的分析结果。

1. Clinical Analyses

提供了临床数据与拷贝数,甲基化, mRNA/miRNA表达谱, 突变信息,蛋白质表达谱等多种数据的相关性分析。

2. CopyNumber Analyses

提供了基于拷贝数的聚类,以及拷贝数与临床数据,mRNA表达谱的相关性等分析。

3.  Correlations Analyses

提供了各种数据间的相关性分析。

4. Methylation Analyses

提供了基于甲基化数据的聚类,以及甲基化与临床数据,mRNA表达谱数据的相关性分析。

5. miRseq Analyses

提供了基于miRNA表达谱数据的聚类,以及miRNA靶基因预测, miRNA与临床数据的相关性等分析。

6. mRNA Analyses

提供了mRNA芯片表达谱数据与甲基化数据的相关性分析,以及GSEA基因集富集分析。

7. mRNAseq Analyses

提供了基于mRNA测序表达谱的聚类,mRNA表达谱数据与拷贝数,临床数据的相关性分析,以及miRNA与mRNA相互作用网络等分析。

8. Mutation Analyses

提供了突变信息与临床数据的相关性分析等分析内容。

9. Pathway Analyses

提供了mRNA表达谱的GSEA等分析内容。

10. RPPA Analyses

提供了基于蛋白质芯片数据的聚类,以及蛋白表达谱与临床数据的相关性分析。

  • 发表于 2021-09-30 15:55
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