NCBI上传高通量测序数据到SRA数据库 aspera 支持续传

Aspera command line upload 数据,最只要的支持续传,如果数据量比较大的话建议用命令行的方法上传,不然,网页上传一旦断开,又得重新上传;

当有大量的数据需要上传NCBI的SRA数据库时,网页上传很费劲,而且支持的文件数量有限;一旦链接断开就得重新来:

这里介绍用linux中aspera的命令行来执行上传数据,会更稳定:

linux当中安装与使用:


1.安装,下载地址:https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/62

得到文件如下:

64-bit Linux: aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-linux-64-release.sh
32-bit Linux: aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-linux-32-release.sh

Note: 加可执行权限之后,直接运行这个sh就安装好了

$ chmod +x aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-linux-xx-release.sh
$ ./aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-linux-xx-release.sh

安装到自己的home目录下面: Aspera CLI in the ~/.aspera/cli directory.


2. 添加环境变量

$ export PATH=~/.aspera/cli/bin:$PATH

3. 添加说明文档,然后就可以使用了:

$ export MANPATH=~/.aspera/cli/share/man:$MANPATH



下面是使用说明:

主要有三个参数:要上传的数据路径; keyfile 在网页下载得到,还有就是上传地址:

attachments-2018-08-xAoxEr5T5b87e12c3dfb4.jpg

准备好这些就可以上传了:


在 windows当中安装与使用:

1.安装

下载对应windows的版本:https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/62

aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-win-xxxx-32-release.zip 然后解压

然后将解压的路径下的:C:\aspera-cli-3.7.7.608.927cce8-win-v140_xp-32-release\cli\bin  目录添加到windows的环境变量Path当中;具体方法和java添加环境变量相近:https://www.omicsclass.com/article/298

2.使用和linux类似:

注意输入的路径当中不要有中文,否则或报错:

windows当中打开cmd, 输入如下命令。

attachments-2018-08-6edk8Vns5b87e769621a5.jpg
如果断掉了,重新运行这个命令,会自动续传。

最好用有线网络上传,无线网络经常掉线,笔记本电脑建议接上网线后关闭无线网络在上传;


所有数据上传完成之后;最后选择,上传好的目录,提交就可以了:

attachments-2018-08-094tAxJd5b89d054c5088.jpg

NCBI详细上传视频见:《NCBI和GEO数据库上传课程


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8.其他,二代测序转录组数据自主分析NCBI数据上传二代测序数据解读

  • 发表于 2018-08-30 20:03
  • 阅读 ( 13006 )
  • 分类:软件工具

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