单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(E-MTAB-8107)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(E-MTAB-8107)

数据介绍:

这个数据的表达量来自一篇泛癌文章,里面有很多项目的数据,其中就有这个数据,我们可以从中分离出来(GSE210347):

文章地址PanCAF :https://www.nature.com/articles/s41467-022-34395-2

数据下载:

wget -c  https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE210nnn/GSE210347/suppl/GSE210347%5Fcounts.Rds.gz -O GSE210347_counts.Rds.gz

wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE210nnn/GSE210347/suppl/GSE210347%5Fmeta.txt.gz -O GSE210347_meta.txt.gz

wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE210nnn/GSE210347/suppl/GSE210347%5Fstudy%5Fmetadata.xls.gz -O GSE210347_study_metadata.xls.gz
#合并两个表格按sample ID合并,注意保存txt格式

Rscript $scripts/merge_tsv_files.r -i GSE210347_meta.txt GSE210347_study_metadata.tsv -b SampleID -p metadata_all
#筛选乳腺癌数据的metadata
cat metadata_all.tsv |awk 'NR==1|| ($0~"E-MTAB-8107" && $0~/Breast/){print $0}'>E-MTAB-8107_BRCA_metadata.tsv


数据分析:

会根据metadata数据筛选乳腺癌数据:

Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r  --rds GSE210347_counts.Rds  \
   --project BRCA_E-MTAB-8107  \
    --nUMI.min 500 \
    --nUMI.max 50000 \
  --nGene.min 250 \
  --mito.gene.pattern "^MT.*-" \
  --percent_mito 20 \
  --log10GenesPerUMI 0.8 \
  -o 01.qc -p BRCA_E-MTAB-8107  --metadata E-MTAB-8107_BRCA_metadata.tsv
Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds 01.qc/BRCA_E-MTAB-8107.afterQC.rds  \
 -p BRCA_E-MTAB-8107  --resolution 0.5  -d 30 -o 02.cluster \
 --vars.to.regress nUMI  percent_mito --high.variable.genes 2000

结果:


attachments-2024-06-WukxQyyi667cfa2510f9f.png


  • 发表于 2024-06-27 13:33
  • 阅读 ( 128 )
  • 分类:转录组

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