GSEA分析需要的基因集Molecular Signatures Database是什么？
在作GSEA的分析时候需要提供一个预先定义好的基因集，用来评估基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的影响作用，那么基因集都包括哪些呢？
GSEA官网的基因集...
在作GSEA的分析时候需要提供一个预先定义好的基因集，用来评估基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的影响作用，那么基因集都包括哪些呢？
GSEA官网的基因集Molecular Signatures Database，含包括H和C1-C7八个系列功能基因集（Collection）：
点击这些基因集就会展示更详细的信息：
H: hallmark gene sets （效应）特征基因集合，共50组；
C1: positional gene sets 位置基因集合，根据染色体位置，共326个；
C2: curated gene sets：（专家）共识基因集合，基于通路、文献等：这部分包括我们熟悉的KEGG信号通路等；
C3: motif gene sets：模式基因集合，主要包括microRNA和转录因子靶基因两部分
C4: computational gene sets：计算基因集合，通过挖掘癌症相关芯片数据定义的基因集合
C5: GO gene sets：Gene Ontology 基因本体论，包括BP（生物学过程biological process，细胞原件cellular component和分子功能molecular function三部分）
C6: oncogenic signatures：癌症特征基因集合，大部分来源于NCBI GEO 未发表芯片数据
C7: immunologic signatures: 免疫相关基因集合。
在GSEA的分析时，可以链接网络使用在线的这些基因集，或者把这些基因集下载到本地使用。
- 发表于 2018-05-31 16:03
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- 分类：转录组
