gsea-msigdb 数据下载
进行gsea分析的时候需要gmt文件，需要到官网进行下载。官网需要注册一下才可以进行下载。
官网网址：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp
直接进入http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp路径的话会有很多内容，不好找自己要下载的东西：
需要下载的话可以到这个网址，大部分情况下，如果做human相关的分析可以选择我标出来的这两个下载：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp
其中C2是人工整理的基因集（7561 个基因集）
C2 集合分为以下两个子集：化学与遗传扰动(Chemical and genetic perturbations, CGP)和经典通路(Canonical pathway, CP)。
CGP：化学与遗传扰动
CGP 子集的大部分数据来源于生物医学文献的整理工作。通过微阵列和测序研究，已鉴定出许多重要生物学和临床状态（如癌症转移、干细胞特性、耐药性）的特征基因集。与旨在反映细胞过程通用描述的通路数据库不同，CGP 主要提供源自扰动实验的特定靶向特征集。其中多组基因集成对出现：xxx_UP（及 xxx_DN）基因集分别代表受扰动诱导（及抑制）的基因。大多数 CGP 集均从出版物中整理而来，包含 PubMed 引文链接、基因集具体来源（如表 1）以及 GEO 或 ArrayExpress 数据库中对应原始数据的链接。当基因集涉及遗传扰动时，其简要描述会包含 NCBI（Entrez）基因数据库中该基因条目的链接；若涉及化学扰动，则描述中包含 NCBI PubChem Compound 数据库相应化合物条目的链接。
CP：经典通路
这个基因集是通过多个在线数据库整理而来。
BioCarta pathway database
KEGG MEDICUS pathway database
PID pathway database
Reactome pathway database
Wikipathways pathway database
KEGG pathway database (canonical pathways gene sets)
参考：https://cloud.tencent.com/developer/article/2538767
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