omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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作共线性分析的时候，用水稻的bed文件，无法获得水稻的cds，是不...

看你运行的命令是拟南芥，的应该是没有问题，但是你贴的都是白菜的文件？肯定不对了；注意ID对应：这里加了.1 在拟南芥所有基因ID的后面加了.1 所有可以用基因ID，提取出拟南芥的基因对应的第一一个转录本序列；你可以观察转录本ID和基因ID之间的差别，相应修改下面地方的代码：基因家族分析这部分已经更...

回答于 2018-12-10 21:52

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基因加倍与串联重复分析

没事，忽略这个就行，你的这个序列太短了，所以会报这个；

回答于 2018-12-10 16:10

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基因家族分析课程get_fa_by_id.pl脚本问题

网易云课堂的和线下培训的不通用，不要混用；

回答于 2018-12-10 15:12

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TBBOOLS三图合一时出现问题

仔细检查一下输入文件，看看各个文件输入是否正确，使用的基因ID是否一致。

回答于 2018-12-10 15:11

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awk命令使用求助

最终你要得到什么样的文件呢？得说清楚，因为一行里面有多个GO号，都提取，还是只要一个？

回答于 2018-12-07 21:41

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同一个直系同源簇的Ka/Ks怎么算

可以参考这里做比对计算：参考这里：https://www.omicsclass.com/article/1939

回答于 2018-12-06 20:54

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老师您好，请问用mega做树时遇到以下问题，是怎么了

45行是不是有特殊字符？或者有相同的序列ID？

回答于 2018-12-06 20:52

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老师你好，为什么画出来是这样的，下面是我准备的基因家族的文件

基因ID 要对应，不同基因之间用tab隔开，具体参考基因家族课程示例文件

回答于 2018-12-06 20:50

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做树时出现下述问题

序列差异太大：https://www.omicsclass.com/article/221

回答于 2018-12-06 20:48

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get_gtf.pl 脚本修改请教已采纳

尽量不要在NCBI上下载参考基因组，里面的编号NCBI会重新编码，你看看你物种参考基因组的文章，一般发布了基因组都会建立物种专有的基因组网站，你对应自己的物种去专用网站下载；如果一定要用，可参考这个脚本将GFF文件修改一下，在网下进行分析：https://www.omicsclass.com/article/566 你的ID号和CDS的ID好不对应，所...

回答于 2018-12-06 11:53

4143 个回答

get_gtf.pl 脚本修改请教 已采纳

get_gtf.pl 脚本修改请教已采纳