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请教一下，我用gene-id在gff3文件里面搜不到gene是什么情况，都...
不知道你搜索的这个ID从哪里得到的，检查是不是基因ID，有可能就是CDS的ID；你检查对应一下，是不是文件有错误；
回答于 2018-11-27 09:16
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在基因家族分析过程中，进化树的构建过程中遇到了如下图的问题：...
应该是序列差异太大，可以删除一些大的gap，或者删除一些差异大的基因： https://www.omicsclass.com/article/221 如果基因全长序列差异太大，建议截取结构域所在序列构建进化树；
回答于 2018-11-27 09:12
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请问circos在配置文件中如何设置link,来凸显出我想要的数据的颜...
这里有circos关于links的官方说明，你可以看一下：http://circos.ca/documentation/tutorials/links/
回答于 2018-11-26 11:04
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跪求解答，关于基因组文件大小
1.了解一下你下载的是什么文件，我看还没有基因组序列，文件大小应该正常。 2.不同的基因家族，成员数量不一样，多的几百个，少的几个都有的，自己研究的基因家族应该去看看在其他物种研究的文献了解一下。
回答于 2018-11-26 10:55
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NCBI下载基因组文件作基因家族分析
gff和gff3 文件格式差不多，你看好染色体，基因ID等等对应关系就好； NCBI上的GFF文件ID对应不是很好，你可以参考这个脚本修改一下：https://www.omicsclass.com/article/566 gff格式说明见：https://www.omicsclass.com/article/306
回答于 2018-11-24 12:27