omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

0 赞同

老师你好，我想请教一下用什么方法（或者网站）可以知道每条序列...

这个网站可以分析氨基酸序列的信息，你想要的都有：http://web.expasy.org/protparam/ 注意输入的序列，不要有ID行，纯序列就行：结果如下：更多基因家族分析见：《基因家族分析视频课程》《基因家族分析文献详解》

回答于 2019-01-17 11:10

0 赞同

blastp吧，这个是引物基因序列太短了，忽略就行，不影响结果；

回答于 2019-01-16 23:41

0 赞同

二代测序都是短序列，当然不能用于基因家族分析了；

回答于 2019-01-16 23:40

0 赞同

文献上已鉴定出来的此类家族一般成员同时含A，B，C;或者含A，B;或者B，C就说明是属于这个基因家族. 你忽略D结构域就可以；有 AB就算；

回答于 2019-01-16 14:13

3 赞同

很明细你输入的基因ID列表和gff中的基因ID列表不一致，所以没有提取成功：注意红框框处；

回答于 2019-01-15 11:11

0 赞同

审稿人要是知道确切数量，那他自己肯定鉴定过，发过这个物种这个家族的文章，你的文章肯定发不了；一个家族的成员的数量，有多有少，在不同的物种中差异不会太大；审稿人也会根据其他物种中这个家族大概有多少个，相差别太大就行。更多可观看：《基因家族分析实操课程》

回答于 2019-01-15 11:06

0 赞同

看看文件是不是有问题，或者格式有问题。

回答于 2019-01-15 09:20

0 赞同

可以改用mapchart做基因染色体定位分析：https://www.omicsclass.com/article/397

回答于 2019-01-14 17:07

1 赞同

氨基酸序列太多差异太大，首先看看找的序列是否有正确。如果正确，建议中间的gap也删除一下，或者你找的这些序列有共同的结构域，建议用相同的结构域序列构建进化树；

回答于 2019-01-14 16:41

0 赞同

我不是很了解你研究的基因家族，只能建议你多看看文献，看看别人在其他物种中研究你的家族是如何分类的可以借鉴一下；读文献学习基因家族分析思路可观看：《基因家族文献解读视频课程》

回答于 2019-01-14 16:34