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氨基酸序列比对之后，gaps太多，mega一直出错，删除之后依然如此...
氨基酸序列太多差异太大，首先看看找的序列是否有正确。 如果正确，建议中间的gap也删除一下，或者你找的这些序列有共同的结构域，建议用相同的结构域序列构建进化树；
回答于 2019-01-14 16:41
请问老师如果在一个物种中鉴定了一个家族的蛋白，但这个家族有两...
我不是很了解你研究的基因家族，只能建议你多看看文献，看看别人在其他物种中研究你的家族是如何分类的可以借鉴一下； 读文献学习基因家族分析思路可观看：《基因家族文献解读视频课程》
回答于 2019-01-14 16:34
我的基因组文件很奇怪，转录本不是正常的加个“.1”“.2” 我就全部...
get_fa_by_id这个脚本，你给他一个ID列表他就可以给你提取出相应的序列；但是ID必须统一才行。
回答于 2019-01-14 14:14
关于构建进化树的序列问题
你的两个蛋白质文件，不是我们做的转录组，我们不清楚，不能帮你决定取舍； 构建进化树，成员比较分散，不同基因家族分类标准不一样，建议你看看类似文章； 最后，公司分析注释的都是比较简单的功能注释，我们的课程是详细认真的鉴定基因家族基因，所以说：自己手动鉴定的更准确；不然就没有做的必要了；
回答于 2019-01-14 14:12
想请教下，就是我测了种子五个不同发育时期的转录组，想通过转录...
内参基因都是通用的，稳定表达的基因就可以，可以参考：https://www.omicsclass.com/article/110
回答于 2019-01-14 09:24
老师好，在基因家族分析课程视频里，鉴定基因家族成员时，里面实...
unigene是转录本序列也就是DNA序列，鉴定基因家族需要用蛋白质序列。 对无参转录组分析结果不了解可以看看我们的课程：《无参转录组结果解读》
回答于 2019-01-14 09:22
老师你好，我想问下，在做基因家族分析时，我的无参转录本里的un...
公司做的无参转录组结果，UNigene也有对应的蛋白序列，你再在结果里面找找看； 对无参转录组不了解可以看看我们的课程：《无参转录组结果解读》
回答于 2019-01-14 09:21
一个基因家族中的每个基因有多个转录本，如何取舍？
取第一个转录本作为代表序列就可以：https://www.omicsclass.com/question/259/answer/270
回答于 2019-01-14 09:19