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请问一下老师 学长让我在五条序列里挑一条结构域完整的 我不清楚...
先看看详细了解家族的结构域特点，再用hmmer搜索搜索一下就知道完整与否了； https://www.omicsclass.com/article/310 CDD搜索： https://www.omicsclass.com/article/877 pfam数据库
回答于 2021-03-03 14:54
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请问扩增子分析的时候保留多少条OTU/ASV比较合适？
不同实验的环境样本，物种复杂度与微生物的数量是不一样的，这个一般是不定的； 环境越复杂，微生物数量多，相应的OTU/ASV相应就对，反之则少； 一般建议过滤掉稀有OTU，丰度小于总测序量的万分之五过滤掉；Bokulich et al., 2013 https://www.nature.com/articles/nmeth.2276?report=reader
回答于 2021-03-01 11:14
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