请问扩增子分析的时候保留多少条OTU/ASV比较合适?

请问扩增子分析的时候保留多少条OTU/ASV比较合适

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

不同实验的环境样本,物种复杂度与微生物的数量是不一样的,这个一般是不定的;

环境越复杂,微生物数量多,相应的OTU/ASV相应就对,反之则少; 

一般建议过滤掉稀有OTU,丰度小于总测序量的万分之五过滤掉;Bokulich et al., 2013


https://www.nature.com/articles/nmeth.2276?report=reader


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